| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（社会資本整備総合交付金） | 2016 | 快適で潤いのある環境の創造と活気あふれる“みなと”まちづくり | 201 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業費（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2020 | 工事及び工事に係る調査・設計等 | 163 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業費（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2019 | 工事及び工事に係る調査・設計等 | 142 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（防災・安全社会資本整備交付金） | 2020 | 那覇港海岸における安心安全の向上（防災・安全） 他 | 137 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（社会資本整備総合交付金） | 2018 | 快適で潤いのある環境の創造と活気あふれる”みなと”まちづくり | 131 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業費（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2019 | ヤード使用料等 | 62 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業費（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2020 | 新港ふ頭ソ号・ツ号野積場ブロック等の仮置ヤード使用料等 | 44 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業費（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2018 | ヤード使用料等 | 32 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2015 | ブロック等製作及び仮置ヤード使用料等 | 28 |
| 国土交通省 | 一般空港等整備事業（直轄）（耐震対策事業を除く） | 2015 | 土地使用料 | 23 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業費（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2017 | 新港ふ頭ツ号野積場ブロック等の仮置ヤード使用料 | 12 |
| 国土交通省 | 海上交通安全に関する経費 | 2016 | 航路標識敷地借料 等 | 7 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業費（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2017 | 平成２９年度那覇西道路換気塔点検管理 | 4 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業費（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2017 | 新港ふ頭ソ号野積場ブロック等の仮置ヤード使用料 | 2 |
| 国土交通省 | 安心して訪日観光ができる海洋周辺地域の観光魅力向上事業（国際観光旅客税財源） | 2020 | クルーズ旅客等の満足度向上・消費拡大促進事業（那覇港（泊ふ頭地区）） | 2 |
| 国土交通省 | 航路標識整備事業 | 2019 | 電気料 | 0 |
