| 文部科学省 | 公立学校施設災害復旧費 | 2020 | 災害復旧事業 | 303 |
| 国土交通省 | 都市防災関連事業 | 2020 | 都市災害復旧事業 | 249 |
| 農林水産省 | 林業・木材産業成長産業化促進対策 | 2020 | 木造公共建築物等の整備 | 155 |
| 環境省 | 「環境首都水俣」創造事業 | 2015 | ゼロカーボン産業団地創出事業 | 41 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2016 | ゼロカーボン産業団地創出事業 | 41 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2017 | 水俣病発生地域医療・福祉連携推進事業、水俣病発生地域再生・融和推進事業 | 18 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2015 | 水俣病発生地域医療･福祉連携推進事業、水俣病発生地域再生・融和推進事業 | 17 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2019 | 水俣病発生地域医療・福祉連携推進事業、水俣病発生地域再生・融和推進事業、「環境首都水俣」創造事業 | 13 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2018 | 水俣病発生地域医療・福祉連携推進事業、水俣病発生地域再生・融和推進事業、「環境首都水俣」創造事業 | 13 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2020 | 水俣病発生地域医療・福祉連携推進事業 | 8 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2015 | 地域健康管理事業 | 8 |
| 厚生労働省 | 令和２年７月豪雨に係る医療保険者への財政支援（医療保険分） | 2020 | 一部負担金及び保険料（税）の免除措置を実施した医療保険者への財政支援 | 7 |
| 厚生労働省 | 令和２年７月豪雨に係る介護保険利用料・保険料減免に対する財政支援 | 2020 | 保険料減免等に対する財政支援 | 6 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2016 | 地域健康管理事業 | 6 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2020 | 健康管理事業、水俣病発生地域医療・福祉連携推進事業 | 5 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2019 | 健康管理事業、水俣病発生地域医療・福祉連携推進事業 | 5 |
| 厚生労働省 | 障害福祉サービス等災害臨時特例補助金 | 2020 | 被災した障害者等に係る障害福祉サービス等の利用者負担の減免 | 0 |
| 厚生労働省 | 令和２年７月豪雨に係る医療保険者への財政支援（介護２号保険料分） | 2020 | 介護２号保険料の免除を実施した国保保険者への財政支援 | 0 |
