| 環境省 | 災害等廃棄物処理事業費補助金 | 2019 | 災害により発生した廃棄物の収集、運搬及び処分 | 1,041 |
| 文部科学省 | 公立学校施設整備費（復興関連事業） | 2016 | 公立学校施設整備事業（平成27年度交付決定） | 495 |
| 農林水産省 | 経営体育成支援事業 | 2018 | 意欲ある経営体が必要とする農業用機械等の導入に対する助成及び農業信用基金協会への助成 | 366 |
| 農林水産省 | 経営体育成支援事業 | 2019 | 意欲ある経営体が必要とする農業用機械等の導入に対する助成及び農業信用基金協会への助成 | 334 |
| 厚生労働省 | 水道施設等整備費（水道施設災害復旧費補助含む） | 2020 | 水道施設災害復旧事業の実施 | 234 |
| 農林水産省 | 水産基盤整備事業（補助） | 2020 | 市町村が実施する水産基盤整備事業に要する経費 | 217 |
| 農林水産省 | 水産基盤整備事業（補助） | 2018 | 市町村が実施する水産基盤整備事業に要する経費 | 212 |
| 農林水産省 | 水産基盤整備事業（補助） | 2019 | 市町村が実施する水産基盤整備事業に要する経費 | 170 |
| 農林水産省 | 水産基盤整備事業（補助） | 2015 | 市町村が実施する水産基盤整備事業に要する経費 | 164 |
| 農林水産省 | 水産基盤整備事業（補助） | 2017 | 市町村が実施する水産基盤整備事業に要する経費 | 150 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2016 | 水産基盤整備事業の実施 | 132 |
| 厚生労働省 | 水道施設等整備費（水道施設災害復旧費補助含む） | 2019 | 水道施設災害復旧事業の実施 | 130 |
| 農林水産省 | 水産基盤整備事業（補助） | 2016 | 市町村が実施する水産基盤整備事業に要する経費 | 124 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2015 | 水産基盤整備事業の実施 | 90 |
| 農林水産省 | 漁港関係等災害復旧事業 | 2019 | 漁港施設・海岸保全施設の災害復旧 | 84 |
| 農林水産省 | 農業人材力強化総合支援事業（旧新規就農・経営継承総合支援事業） | 2018 | 新規就農者への補助金等交付 | 84 |
| 農林水産省 | 農業人材力強化総合支援事業（旧新規就農・経営継承総合支援事業） | 2017 | 新規就農者への補助金等交付 | 82 |
| 農林水産省 | 農業人材力強化総合支援事業（旧新規就農・経営継承総合支援事業） | 2016 | 新規就農者への補助金等交付 | 79 |
| 農林水産省 | 農業人材力強化総合支援事業
（旧新規就農・経営継承総合支援事業） | 2019 | 新規就農者への補助金等交付 | 72 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2019 | 水産基盤整備事業の実施 | 60 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2017 | 水産基盤整備事業の実施 | 53 |
| 農林水産省 | 漁港関係等災害復旧事業 | 2020 | 漁港施設の災害復旧 | 51 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2018 | 水産基盤整備事業の実施 | 49 |
| 農林水産省 | 経営体育成支援事業 | 2020 | 意欲ある経営体が必要とする農業用機械等の導入に対する助成及び農業信用基金協会への助成 | 48 |
| 文部科学省 | 公立社会教育施設災害復旧事業 | 2019 | 公立社会教育施設災害復旧 | 39 |
| 厚生労働省 | 平成３０年７月豪雨に係る医療保険者への財政支援（医療保険分） | 2018 | 一部負担金等の免除措置を実施した医療保険者等への財政支援 | 13 |
| 総務省 | 消防団等地域防災力の充実強化 | 2019 | 救助用資機材等の整備 | 9 |
| 総務省 | 消防団等地域防災力の充実強化 | 2020 | 救助用資機材等の整備 | 8 |
| 厚生労働省 | 平成30年７月豪雨の被災地域における介護保険利用料・保険料減免に対する財政支援 | 2018 | 保険料減免等に対する財政支援 | 6 |
| 農林水産省 | 農林漁業センサス | 2018 | 統計法に基づく法定受託事務の実施 | 5 |
| 文部科学省 | 公立社会教育施設災害復旧事業 | 2018 | 公立社会教育施設災害復旧 | 4 |
| 総務省 | 放送ネットワーク等災害復旧事業 | 2019 | 地上デジタル放送共聴設備の復旧 | 3 |
| 文部科学省 | 公立社会教育施設災害復旧事業 | 2018 | 公立社会教育施設災害復旧 | 1 |
| 厚生労働省 | 平成３０年７月豪雨に係る医療保険者への財政支援（介護２号保険料分） | 2018 | 介護２号保険料の免除を実施した国保保険者への財政支援 | 1 |
| 厚生労働省 | 障害福祉サービス等災害臨時特例補助金 | 2018 | 被災した障害者等に係る障害福祉サービス等の利用者負担の減免 | 0 |
