| 環境省 | 災害等廃棄物処理事業費補助金 | 2020 | 災害により発生した廃棄物の収集、運搬及び処分 | 1,521 |
| 復興庁 | 東日本大震災農業生産対策交付金 | 2016 | 事業実施主体への交付金の交付事務、指導監督、調整 | 653 |
| 復興庁 | 事業復興型雇用創出事業の拡充 | 2015 | 市町村が実施する事業に対する補助 | 428 |
| 復興庁 | 東日本大震災農業生産対策交付金 | 2017 | 事業実施主体への交付金の交付事務、指導監督、調整 | 357 |
| 復興庁 | 東日本大震災農業生産対策交付金 | 2018 | 事業実施主体への交付金の交付事務、
指導監督、調整 | 350 |
| 復興庁 | 放射性物質汚染廃棄物処理事業 | 2020 | 令和２年度放射性物質汚染廃棄物処理事業費補助金（農林業系廃棄物の処理加速化事業） | 108 |
| 農林水産省 | 農業競争力強化基盤整備事業 | 2019 | 区画拡大や暗渠排水等の農地・農業水利施設の整備をきめ細かく実施 | 103 |
| 農林水産省 | 農業競争力強化基盤整備事業 | 2020 | 区画拡大や暗渠排水等の農地・農業水利施設の整備をきめ細かく実施 | 90 |
| 復興庁 | 東日本大震災復興交付金 | 2019 | 復興交付金事業等（国土交通省関係） | 85 |
| 農林水産省 | 農地中間管理機構による集積・集約化活動 | 2017 | 機構集積協力金の交付対象者への交付事務、指導業務 | 69 |
| 国土交通省 | 河川・ダムの維持管理事業 | 2015 | 排水機場点検 | 44 |
| 農林水産省 | 経営所得安定対策等推進事業 | 2018 | 制度の普及推進、需要に応じた作物の生産方針等の策定、対象作物の作付面積等の確認、農業者情報のシステム入力・集計事務、産地交付金の要件設定等に必要な活動 | 38 |
| 農林水産省 | 経営所得安定対策等推進事業 | 2019 | 制度の普及推進、需要に応じた作物の生産方針等の策定、対象作物の作付面積等の確認、農業者情報のシステム入力・集計事務、産地交付金の要件設定等に必要な活動 | 35 |
| 復興庁 | 東日本大震災復興交付金 | 2018 | 復興交付金事業等（国土交通省関係） | 35 |
| 農林水産省 | 経営所得安定対策等推進事業 | 2017 | 制度の普及推進、需要に応じた作物の生産方針等の策定、対象作物の作付面積等の確認、農業者情報のシステム入力・集計事務、産地交付金の要件設定等に必要な活動 | 32 |
| 農林水産省 | 経営所得安定対策等 | 2015 | 農業者に対する説明会等の開催、申請手続きの支援、作付状況の確認、水田情報の整備等 | 32 |
| 農林水産省 | 経営所得安定対策等推進事業 | 2020 | 制度の普及推進、需要に応じた作物の生産方針等の策定、対象作物の作付面積等の確認、農業者情報のシステム入力・集計事務、産地交付金の要件設定等に必要な活動 | 31 |
| 文部科学省 | へき地児童生徒援助費等補助 | 2020 | 遠距離通学費等、保険管理費 | 24 |
| 厚生労働省 | 未熟児養育費負担金 | 2020 | 養育医療の給付 | 14 |
| 復興庁 | 仮設住宅の再編等に係る子供の学習支援によるコミュニティ復興支援事業 | 2015 | 地域コーディネーターの配置、地域課題の解決や地域コミュニティ再生のための取組実施 | 13 |
| 厚生労働省 | 未熟児養育費負担金 | 2017 | 養育医療の給付 | 13 |
| 復興庁 | 仮設住宅の再編等に係る子供の学習支援によるコミュニティ復興支援事業 | 2016 | 地域課題の解決や地域コミュニティ再生のための取組 | 12 |
| 農林水産省 | 被災農家営農再開緊急対策事業 | 2019 | 事業実施主体への交付金の交付事務、指導監督、調整 | 11 |
| 国土交通省 | 公営住宅整備等事業 | 2020 | 災害公営住宅整備事業の実施 | 5 |
| 農林水産省 | 農山漁村振興交付金 | 2020 | 中山間地農業推進対策 | 5 |
| 農林水産省 | 独立行政法人農業者年金基金運営費 | 2017 | 認定農業者等の政策支援要件、農地の処分等の経営移譲要件の確認事務、現況届の記載内容の確認事務、制度普及等 | 4 |
| 農林水産省 | 独立行政法人農業者年金基金運営費 | 2016 | 〃 | 4 |
| 農林水産省 | 独立行政法人農業者年金基金運営費 | 2019 | 〃 | 3 |
| 農林水産省 | 独立行政法人農業者年金基金運営費 | 2018 | 〃 | 3 |
| 農林水産省 | 独立行政法人農業者年金基金運営費 | 2015 | 〃 | 3 |
| 国土交通省 | 道路事業（直轄・維持等） | 2018 | 維持管理委託 | 3 |
| 国土交通省 | 道路事業（直轄・維持等） | 2017 | 維持管理委託 | 3 |
| 国土交通省 | 道路事業（直轄・維持等） | 2016 | 維持管理委託 | 3 |
| 国土交通省 | 道路事業（直轄・維持等） | 2015 | 維持管理委託 | 3 |
| 厚生労働省 | 保健衛生施設等施設・設備整備費補助金
（保健衛生施設等災害復旧費補助金含む） | 2019 | 施設・設備整備費の支出 | 2 |
| 復興庁 | 児童福祉施設整備費 | 2015 | 災害復旧に必要な経費 | 0 |
