| 農林水産省 | 浜の活力再生・成長促進交付金 | 2019 | 市が実施する施設整備、漁業協同組合に対する交付金の交付事務、指導監督等 | 795 |
| 農林水産省 | 浜の活力再生・成長促進交付金 | 2019 | 種苗生産施設等の整備 | 705 |
| 農林水産省 | 浜の活力再生・成長促進交付金 | 2020 | 市が実施する施設整備、漁業協同組合に対する交付金の交付事務、指導監督等 | 475 |
| 農林水産省 | 浜の活力再生交付金（強い水産業づくり交付金） | 2016 | 漁業協同組合に対する交付金の交付事務、指導監督等 | 299 |
| 国土交通省 | 災害対策等緊急事業 | 2016 | 海岸保全施設整備事業 | 261 |
| 農林水産省 | 浜の活力再生・成長促進交付金 | 2020 | 防災施設の整備 | 110 |
| 国土交通省 | 北方領土隣接地域振興等経費
（北方領土隣接地域振興等事業推進費補助金） | 2015 | 基幹産業の付加価値向上等に向けた取組、災害に強い地域づくりに向けた取組 | 50 |
| 国土交通省 | 北方領土隣接地域振興等経費
（北方領土隣接地域振興等事業推進費補助金） | 2016 | 基幹産業の付加価値向上等に向けた取組、災害に強い地域づくりに向けた取組 | 37 |
| 国土交通省 | 北方領土隣接地域振興等経費
（北方領土隣接地域振興等事業推進費補助金） | 2018 | 活力ある地域経済の展開に向けた取組 | 31 |
| 国土交通省 | 北方領土隣接地域振興等経費
（北方領土隣接地域振興等事業推進費補助金） | 2019 | 活力ある地域経済の展開に向けた取組 | 29 |
| 国土交通省 | 北方領土隣接地域振興等経費
（北方領土隣接地域振興等事業推進費補助金） | 2020 | 活力ある地域経済の展開に向けた取組 | 22 |
| 国土交通省 | 北方領土隣接地域振興等経費
（北方領土隣接地域侵攻等事業推進費補助金） | 2017 | 基幹産業の付加価値向上等に向けた取組 | 17 |
| 国土交通省 | 北方領土隣接地域振興等経費
（北方領土隣接地域振興等事業推進費補助金） | 2020 | 地域の資源を活かした交流人口の拡大に向けた取組 | 12 |
| 総務省 | 無線システム普及支援事業（地上デジタル放送への円滑な移行のための環境整備・支援） | 2015 | デジタル中継局の整備 | 8 |
| 総務省 | 消防団等地域防災力の充実強化 | 2019 | 救助用資機材等の整備 | 7 |
| 厚生労働省 | 水道施設等整備費(水道施設災害復旧費補助含む) | 2015 | 水道施設整備に係る補助率差額 | 6 |
| 農林水産省 | 農林漁業センサス | 2018 | 統計法に基づく法定受託事務の実施 | 4 |
| 外務省 | 北方四島住民との交流 | 2017 | 第２回患者受入業務 | 4 |
| 文部科学省 | 学校を核とした地域力強化プラン | 2016 | 放課後子供教室一体型の推進に係る設備整備 | 4 |
| 外務省 | 北方四島住民との交流 | 2016 | 第３回患者受入業務 | 3 |
| 外務省 | 北方四島住民との交流 | 2016 | 第５回患者受入業務 | 3 |
| 外務省 | 北方四島住民との交流 | 2015 | 第２回患者受入治療業務 | 3 |
| 外務省 | 北方四島住民との交流 | 2015 | 第４回患者受入治療業務 | 3 |
| 外務省 | 北方四島住民との交流 | 2018 | 第４回患者受入れ業務 | 2 |
| 国土交通省 | 北方領土隣接地域振興等経費
（北方領土隣接地域振興等事業推進費補助金） | 2018 | 社会・経済の安定的な発展の基盤の形成に向けた取組 | 2 |
| 外務省 | 北方四島住民との交流 | 2015 | 患者受入治療業務（緊急） | 2 |
| 外務省 | 北方四島住民との交流 | 2015 | 第４回患者受入治療業務 | 1 |
| 文部科学省 | 自律的、組織的な学校運営体制の構築
※公プロを踏まえ分割 | 2018 | 学校現場における業務改善加速事業 | 1 |
| 環境省 | 循環型社会形成推進交付金 | 2019 | 廃棄物処理施設整備事業に係る補助率差額 | 1 |
| 外務省 | 北方四島住民との交流 | 2016 | 第３回患者受入業務 | 1 |
| 国土交通省 | 北方領土隣接地域振興等経費
（北方領土隣接地域侵攻等事業推進費補助金） | 2017 | 災害に強い地域づくりに向けた取組 | 1 |
| 厚生労働省 | 水道施設等整備費(水道施設災害復旧費補助含む) | 2016 | 水道施設整備に係る補助率差額の交付 | 1 |
| 内閣府 | 保育所等の利用者負担軽減に係るシステム改修に必要な経費 | 2015 | システム改修 | 1 |
| 国土交通省 | 北海道開発事業 | 2019 | 用地補償 | 1 |
| 農林水産省 | 水産多面的機能発揮対策 | 2020 | 事務の適切な実施を図るために必要な指導等の事務 | 0 |
| 農林水産省 | 水産多面的機能発揮対策 | 2019 | 事務の適切な実施を図るために必要な指導等の事務 | 0 |
| 環境省 | 循環型社会形成推進交付金 | 2015 | 廃棄物処理施設整備事業に係る補助率差額 | 0 |
| 外務省 | 北方四島住民との交流 | 2017 | 第４回患者受入業務 | 0 |
| 環境省 | 循環型社会形成推進交付金 | 2016 | 廃棄物処理施設整備事業に係る補助率差額 | 0 |
| 国土交通省 | 高潮高波対策業務 | 2018 | 土地賃借料 花咲検潮所（検潮所敷地） | 0 |
| 国土交通省 | 北海道開発事業 | 2020 | 土地使用料 | 0 |
