| 農林水産省 | 農業施設災害復旧等事業 | 2020 | 農業用施設等の復旧等 | 7,949 |
| 環境省 | 災害等廃棄物処理事業費補助金 | 2020 | 災害により発生した廃棄物の収集、運搬及び処分 | 2,895 |
| 農林水産省 | 強い農業・担い手づくり総合支援交付金 | 2020 | 意欲ある経営体が必要とする農業用機械等の導入に対する助成及び農業信用基金協会への助成 | 2,485 |
| 環境省 | 災害等廃棄物処理事業費補助金 | 2019 | 災害により発生した廃棄物の収集、運搬及び処分 | 1,704 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等災害復旧費補助金等 | 2020 | 施設災害復旧 | 821 |
| 文部科学省 | 史跡等の買上げ | 2016 | 松代城跡の買上げ | 414 |
| 厚生労働省 | 保護施設事務費負担金 | 2016 | 保護施設における生活扶助等の現物給付 | 411 |
| 厚生労働省 | 保護施設事務費負担金 | 2017 | 保護施設における生活扶助等の現物給付 | 402 |
| 厚生労働省 | 保護施設事務費負担金 | 2018 | 保護施設における生活扶助等の現物給付 | 400 |
| 文部科学省 | 公立学校施設災害復旧費 | 2020 | 災害復旧事業 | 399 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等施設整備（災害復旧費含む） | 2018 | 社会福祉法人等が整備する施設整備に要する費用の一部を補助。 | 377 |
| 厚生労働省 | 保護施設事務費負担金 | 2020 | 保護施設における生活扶助等の現物給付 | 294 |
| 厚生労働省 | 保護施設事務費負担金 | 2015 | 保護施設における生活扶助等の現物給付 | 292 |
| 厚生労働省 | 保護施設事務費負担金 | 2019 | 保護施設における生活扶助等の現物給付 | 280 |
| 文部科学省 | ナショナルトレーニングセンター競技別強化拠点施設活用事業 | 2017 | スピードスケート及びボブスレー・リュージュ強化拠点の利用調整及びトレーニング環境の整備 | 200 |
| 文部科学省 | ナショナルトレーニングセンター競技別強化拠点施設活用事業 | 2016 | スピードスケート及びボブスレー・リュージュ強化拠点の利用調整及びトレーニング環境の整備 | 186 |
| 厚生労働省 | 地域介護・福祉空間整備等施設整備交付金 | 2015 | 既存施設のスプリンクラー設備等整備事業等 | 137 |
| 文部科学省 | ナショナルトレーニングセンター競技別強化拠点機能強化事業 | 2019 | スピードスケート及びボブスレー・リュージュ強化拠点の利用調整及びトレーニング環境の整備 | 111 |
| 文部科学省 | ナショナルトレーニングセンター競技別強化拠点施設活用事業 | 2015 | スピードスケート強化拠点の利用調整及びトレーニング環境の整備 | 101 |
| 文部科学省 | ナショナルトレーニングセンター競技別強化拠点機能強化事業 | 2020 | スピードスケート及びボブスレー・リュージュ強化拠点の利用調整及びトレーニング環境の整備 | 99 |
| 文部科学省 | ナショナルトレーニングセンター競技別強化拠点施設活用事業 | 2015 | ボブスレー・リュージュ強化拠点の利用調整及びトレーニング環境の整備 | 99 |
| 文部科学省 | ナショナルトレーニングセンター競技別強化拠点機能強化事業 | 2018 | スピードスケート及びボブスレー・リュージュ強化拠点の利用調整及びトレーニング環境の整備 | 98 |
| 文部科学省 | 学校を核とした地域力強化プラン | 2016 | 学校・家庭・地域の連携協力推進に資する事業 等 | 76 |
| 文部科学省 | 学校を核とした地域力強化プラン | 2015 | 学校・家庭・地域の連携協力推進に資する事業 等 | 71 |
| 農林水産省 | 新規就農・経営継承総合支援事業 | 2015 | 同上 | 69 |
| 農林水産省 | 農業人材力強化総合支援事業（旧新規就農・経営継承総合支援事業） | 2016 | 新規就農者への補助金等交付 | 67 |
| 総務省 | 「地域経済循環の創造」の推進に要する経費 | 2016 | 地域経済循環創造事業交付金 | 50 |
| 国土交通省 | 公営住宅整備等事業 | 2020 | 災害公営住宅整備事業の実施 | 29 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等災害復旧費補助金等 | 2019 | 設備災害復旧 | 28 |
| 環境省 | 産業廃棄物不法投棄等原状回復措置推進費補助金 | 2016 | 最終処分場の埋立法面崩落防止等の支障除去対策 | 28 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等設備災害復旧費補助金 | 2020 | 被災した社会福祉施設等設備整備に要する費用の補助 | 27 |
| 環境省 | 動物収容・譲渡対策施設整備費補助 | 2019 | 動物収容施設の建設工事費 | 26 |
| 総務省 | 圏域における広域連携の推進等に要する経費 | 2019 | 新たな広域連携促進事業 | 24 |
| 厚生労働省 | 令和元年台風第19号に係る医療保険者への財政支援（医療保険） | 2019 | 一部負担金等の免除措置を実施した医療保険者等への財政支援 | 23 |
| 農林水産省 | 農林漁業センサス | 2019 | 統計法に基づく法定受託事務の実施 | 22 |
| 厚生労働省 | 保健衛生施設等施設・設備整備費補助金
（保健衛生施設等災害復旧費補助金含む） | 2020 | 施設・設備整備費の支出 | 19 |
| 文部科学省 | 切れ目ない支援体制整備充実事業費補助 | 2020 | 切れ目ない支援体制整備充実 | 17 |
| 環境省 | 産業廃棄物不法投棄等原状回復措置推進費補助金 | 2015 | 最終処分場の埋立法面崩落防止等の支障除去対策 | 13 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等災害復旧費補助金等 | 2020 | 設備災害復旧 | 12 |
| 国土交通省 | 歴史的風致活用国際観光支援事業 | 2019 | 歴史的風致活用国際観光支援事業 | 10 |
| 国土交通省 | 歴史的風致活用国際観光支援事業 | 2018 | 歴史的風致活用国際観光支援事業 | 10 |
| 厚生労働省 | 令和元年度台風第19号に係る介護保険利用料・保険料減免に対する財政支援 | 2019 | 保険料減免等に対する財政支援 | 8 |
| 国土交通省 | 集約都市形成支援事業 | 2016 | 集約都市形成支援事業 | 4 |
| 内閣府 | 子どものための教育・保育給付に必要な経費 | 2019 | 子どものための教育・保育給付災害臨時特例補助金 | 4 |
| 農林水産省 | 人・農地問題解決加速化支援事業 | 2019 | 人・農地プラン実質化に向けた取組 | 3 |
| 農林水産省 | 地域バイオマス産業化推進事業 | 2015 | バイオマス産業都市構想（案）策定業務 | 3 |
| 厚生労働省 | 令和元年台風第19号に係る医療保険者への財政支援（介護２号保険料分） | 2019 | 介護２号保険料の免除を実施した国保保険者への財政支援 | 1 |
| 農林水産省 | 経営継承・発展等支援事業（旧「人・農地問題解決加速化支援事業」） | 2020 | 人・農地プラン実質化に向けた取組 | 1 |
| 厚生労働省 | 障害福祉分野におけるロボット等導入支援事業 | 2019 | 障害福祉現場におけるロボット等導入支援 | 1 |
| 農林水産省 | 国有農地等管理処分事業 | 2020 | 農地法等に基づく管理事務の実施（交付金） | 1 |
| 農林水産省 | 国有農地等管理処分事業 | 2018 | 農地法等に基づく管理事務の実施（交付金） | 1 |
| 農林水産省 | 国有農地等管理処分事業 | 2017 | 農地法等に基づく管理事務の実施（交付金） | 1 |
| 農林水産省 | 国有農地等管理処分事業 | 2016 | 〃 | 1 |
| 総務省 | 統計体系整備事業 | 2016 | 統計調査員確保対策事業の実施 | 0 |
| 厚生労働省 | 障害福祉サービス等災害臨時特例補助金 | 2019 | 被災した障害者等に係る障害福祉サービス等の利用者負担の減免 | 0 |
| 国土交通省 | 基本測地基準点測量経費 | 2018 | 土地建物借料 | 0 |
| 国土交通省 | 基本測地基準点測量経費 | 2020 | 土地建物借料 | 0 |
| 国土交通省 | 地震津波観測 | 2020 | 中尾根群列地震観測施設敷地借料 | 0 |
| 法務省 | 地域人権問題に対する人権啓発活動の委託 | 2018 | 会場貸出し（地域別講演会） | 0 |
| 国土交通省 | 基本測地基準点測量経費 | 2016 | 土地建物借料 | 0 |
| 国土交通省 | 地震津波観測 | 2018 | 中尾根群列地震観測施設敷地借料 | 0 |
| 国土交通省 | 地震津波観測 | 2017 | 中尾根群列地震観測施設敷地借料 | 0 |
| 国土交通省 | 地震津波観測 | 2016 | 中尾根群列地震観測施設敷地借料 | 0 |
| 国土交通省 | 地震津波観測 | 2015 | 中尾根群列地震観測施設敷地借料 | 0 |
