| 環境省 | 特定外来生物防除等推進事業 | 2018 | 奄美大島におけるフイリマングース防除事業業務 | 169 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業費（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2017 | 沖縄開発事業 | 85 |
| 国土交通省 | 航路標識整備事業費 | 2016 | 旧慶佐次ロランC局埋設物調査 | 26 |
| 環境省 | 地下水の水質汚濁対策に資する地域循環型バイオガスシステム構築モデル事業 | 2016 | バイオガス及び液肥等成分分析 | 22 |
| 防衛省 | 補償経費等 | 2015 | 土壌調査設計 | 21 |
| 防衛省 | 補償経費等 | 2015 | ドラム缶等付着物分析調査 | 19 |
| 環境省 | 地下水の水質汚濁対策に資する地域循環型バイオガスシステム構築モデル事業 | 2015 | バイオガス及び液肥等成分分析 | 13 |
| 防衛省 | 補償経費等 | 2015 | 土質等調査 | 8 |
| 経済産業省 | 国内における温室効果ガス排出削減・吸収量認証制度の実施委託費 | 2016 | 事業計画の作成支援等 | 7 |
| 防衛省 | 補償経費等 | 2015 | 環境調査 | 7 |
| 経済産業省 | 国内における温室効果ガス排出削減・吸収量認証制度の実施委託費（旧：グリーン貢献量認証制度等基盤整備事業委託費） | 2015 | 事業計画の作成支援等 | 6 |
| 経済産業省 | 国内における温室効果ガス排出削減・吸収量認証制度の実施委託費 | 2019 | J-クレジット制度普及啓発等 | 5 |
| 環境省 | アジア太平洋地域生物多様性保全推進費 | 2015 | ダイビングツーリズムのサンゴ礁生態系への影響調査 | 5 |
| 国土交通省 | 船舶交通安全の基盤整備に関する経費 | 2020 | 巡視船等基地整備 | 4 |
| 農林水産省 | 輸出環境整備緊急対策事業のうち証明書発行等を行う機関の体制整備及び輸出事業者支援事業 | 2020 | 輸出に係る検査の迅速化・効率化のための検査機器の導入 | 4 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2020 | 令和2年度ノグチゲラ生息状況調査等業務 | 4 |
| 経済産業省 | 国内における温室効果ガス排出削減・吸収量認証制度の実施委託費 | 2020 | J-クレジット制度普及啓発等 | 4 |
| 経済産業省 | 国内における温室効果ガス排出削減・吸収量認証制度の実施委託費 | 2018 | Ｊ－クレジット制度普及啓発等 | 4 |
| 経済産業省 | 温室効果ガス排出削減見える化促進委託費(旧:国内における温室効果ガス排出削減・吸収量認証制度の実施委託費） | 2017 | 排出削減活動の発掘・活用開拓 | 4 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2018 | ノグチゲラ生息状況調査業務 | 4 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2019 | 平成３１年度ノグチゲラ生息状況調査等業務 | 4 |
| 環境省 | 特定外来生物防除等推進事業 | 2020 | 那覇港等におけるヒアリ等侵入状況確認調査 | 4 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2017 | ノグチゲラ生息状況調査等業務 | 3 |
| 環境省 | 特定外来生物防除等推進事業 | 2019 | 那覇港等におけるヒアリ等侵入状況確認調査業務 | 3 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2019 | ジュゴン生息緊急調査業務 | 3 |
| 環境省 | 特定外来生物防除等推進事業 | 2018 | 那覇港等におけるヒアリ等進入状況確認調査業務 | 2 |
| 国土交通省 | 航路標識整備事業 | 2015 | 慶佐次ロランＣ局敷地内埋設廃棄物調査 | 2 |
| 環境省 | 特定外来生物防除等推進事業 | 2020 | やんばる地域における特定外来生物ツルヒヨドリ等防除 | 2 |
| 環境省 | 国際希少野生動植物種流通管理対策費 | 2020 | 会議開催（石垣） | 1 |
| 環境省 | 国際希少野生動植物種流通管理対策費 | 2020 | 会議開催（那覇、鹿児島） | 1 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2015 | ノグチゲラ追跡調査業務 | 1 |
| 環境省 | 国立公園等民間活用特定自然環境保全活動
(グリーンワーカー)事業費 | 2016 | 国指定屋我地鳥獣保護区保全普及啓発業務 | 1 |
| 環境省 | 国立公園等民間活用特定自然環境保全活動
(グリーンワーカー)事業費 | 2016 | 国指定屋我地鳥獣保護区アジサシ類等保全調査業務 | 1 |
| 環境省 | 国立公園等民間活用特定自然環境保全活動
(グリーンワーカー)事業費 | 2017 | 国指定屋我地鳥獣保護区保全巡視業務 | 1 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2017 | 構内希少野生動植物等保全普及啓発業務 | 1 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2017 | 国内希少野生動植物に関する普及啓発資料作成等業務 | 1 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2017 | ヤンバルクイナ等普及啓発パンフレット作成業務 | 1 |
| 環境省 | 国際希少野生動植物種流通管理対策費 | 2019 | 会議開催 | 1 |
| 環境省 | 国立公園等民間活用特定自然環境保全活動
(グリーンワーカー)事業費 | 2015 | 国指定屋我地鳥獣保護区アジサシ類等保全調査業務（グリーンワーカー事業） | 1 |
| 環境省 | 国指定鳥獣保護区対策費 | 2017 | 国指定屋我地鳥獣保護区希少鳥類等生息状況調査 | 1 |
| 環境省 | 国指定鳥獣保護区管理強化費 | 2018 | 国指定屋我地鳥獣保護区希少鳥類等生息状況調査業務 | 0 |
