| 農林水産省 | 中山間地域等直接支払交付金 | 2018 | 〃 | 421 |
| 農林水産省 | 中山間地域等直接支払交付金 | 2017 | 〃 | 421 |
| 農林水産省 | 中山間地域等直接支払交付金 | 2019 | 〃 | 420 |
| 農林水産省 | 中山間地域等直接支払交付金 | 2016 | 〃 | 420 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2016 | 水産基盤整備事業の実施 | 417 |
| 農林水産省 | 中山間地域等直接支払交付金 | 2015 | 〃 | 413 |
| 農林水産省 | 中山間地域等直接支払交付金 | 2020 | 〃 | 397 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2017 | 水産基盤整備事業の実施 | 363 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2019 | 水産基盤整備事業の実施 | 295 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2015 | 水産基盤整備事業の実施 | 264 |
| 内閣府 | 有人国境離島政策の推進に必要な経費 | 2020 | 特定有人国境離島地域社会維持推進交付金 | 258 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2020 | 水産基盤整備事業の実施 | 246 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2020 | 農業生産基盤整備事業の実施 | 216 |
| 内閣府 | 有人国境離島政策の推進に必要な経費 | 2019 | 特定有人国境離島地域社会維持推進交付金 | 166 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2018 | 水産基盤整備事業の実施 | 156 |
| 国土交通省 | 離島振興に必要な経費 | 2017 | 離島活性化交付金事業 | 151 |
| 内閣府 | 有人国境離島政策の推進に必要な経費 | 2018 | 特定有人国境離島地域社会維持推進交付金 | 135 |
| 内閣府 | 有人国境離島政策の推進に必要な経費 | 2017 | 特定有人国境離島地域社会維持推進交付金 | 131 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2015 | 農山漁村地域の総合的な整備 | 129 |
| 国土交通省 | 離島振興に必要な経費 | 2015 | 佐渡安全安心向上事業 | 119 |
| 国土交通省 | 離島振興に必要な経費 | 2018 | 離島活性化交付金事業 | 114 |
| 国土交通省 | 離島振興に必要な経費 | 2019 | 離島活性化交付金事業 | 102 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2020 | 道路事業の実施（道路更新防災等対策事業） | 100 |
| 総務省 | 放送ネットワーク整備支援事業 | 2018 | ケーブルテレビ幹線の光化 | 100 |
| 農林水産省 | 離島漁業再生支援等交付金 | 2019 | 交付金の交付事務、指導監督、促進計画の策定等 | 78 |
| 農林水産省 | 離島漁業再生支援等交付金 | 2020 | 交付金の交付事務、指導監督、促進計画の策定等 | 76 |
| 農林水産省 | 離島漁業再生支援等交付金 | 2018 | 交付金の交付事務、指導監督、促進計画の策定等 | 71 |
| 農林水産省 | 離島漁業再生支援等交付金 | 2017 | 交付金の交付事務、指導監督、促進計画の策定等 | 68 |
| 農林水産省 | 離島漁業再生支援等交付金 | 2016 | 〃 | 66 |
| 農林水産省 | 離島漁業再生支援交付金 | 2015 | 〃 | 59 |
| 農林水産省 | 農業人材力強化総合支援事業（旧新規就農・経営継承総合支援事業） | 2016 | 新規就農者への補助金等交付 | 55 |
| 農林水産省 | 農業人材力強化総合支援事業（旧新規就農・経営継承総合支援事業） | 2017 | 新規就農者への補助金等交付 | 54 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2015 | 農業競争力強化基盤整備、農地等保全、農業生産基盤保全管理・整備事業の実施 | 46 |
| 農林水産省 | 漁港関係等災害復旧事業 | 2016 | 漁港施設、海岸保全施設等の災害復旧 | 45 |
| 国土交通省 | 離島振興に必要な経費 | 2020 | 離島活性化交付金 | 44 |
| 国土交通省 | 離島振興に必要な経費 | 2015 | 佐渡観光交流人口促進事業 | 41 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2016 | 農業生産基盤整備事業の実施 | 28 |
| 国土交通省 | 離島振興に必要な経費 | 2015 | 海上輸送費支援事業 | 28 |
| 文部科学省 | 文化財建造物等を活用した地域活性化事業 | 2015 | 佐渡市宿根木伝統的建造物群保存地区 | 26 |
| 農林水産省 | 漁港機能増進事業 | 2020 | 市町村が実施する漁港機能増進事業に要する経費 | 23 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2018 | 農業生産基盤整備事業の実施 | 23 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2017 | 農業生産基盤整備事業の実施 | 23 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2015 | 廃棄物処理施設等の整備 | 9 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2020 | 廃棄物処理施設等の整備 | 7 |
| 農林水産省 | 美しい農村再生支援事業 | 2015 | 農村の価値の向上・継承及び農村資源の保全・復元 | 6 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2019 | 市町村営林における間伐等の実施 | 5 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2019 | 農業生産基盤整備事業の実施 | 5 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2020 | 市町村営林における間伐等の実施 | 4 |
| 農林水産省 | 農林漁業センサス | 2018 | 統計法に基づく法定受託事務の実施 | 4 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2016 | 市町村営林における間伐等の実施 | 4 |
| 内閣府 | 拉致被害者等の支援に必要な経費 | 2020 | 都道府県が策定した自立支援プログラムに基づき、必要に応じて事業計画の作成、自立支援カリキュラムに基づく社会適応指導、日本語指導、帰国被害者等の社会体験研修及び地域交流事業の実施、連絡会議の開催 | 3 |
| 内閣府 | 拉致被害者等の支援に必要な経費 | 2019 | 都道府県が策定した自立支援プログラムに基づき、必要に応じて事業計画の作成、自立支援カリキュラムに基づく社会適応指導、日本語指導、帰国被害者等の社会体験研修及び地域交流事業の実施、連絡会議の開催 | 3 |
| 内閣府 | 拉致被害者等の支援に必要な経費 | 2018 | 都道府県が策定した自立支援プログラムに基づき、必要に応じて事業計画の作成、自立支援カリキュラムに基づく社会適応指導、日本語指導、帰国被害者等の社会体験研修及び地域交流事業の実施、連絡会議の開催 | 3 |
| 内閣府 | 拉致被害者等の支援に必要な経費 | 2017 | 都道府県が策定した自立支援プログラムに基づき、必要に応じて事業計画の作成、自立支援カリキュラムに基づく社会適応指導、日本語指導、帰国被害者等の社会体験研修及び地域交流事業の実施、連絡会議の開催 | 3 |
| 内閣府 | 拉致被害者等の支援に必要な経費 | 2016 | 都道府県が策定した自立支援プログラムに基づき、必要に応じて事業計画の作成、自立支援カリキュラムに基づく社会適応指導、日本語指導、帰国被害者等の社会体験研修及び地域交流事業の実施、連絡会議の開催 | 3 |
| 内閣府 | 拉致被害者等の支援に必要な経費 | 2015 | 都道府県が策定した自立支援プログラムに基づき、必要に応じて事業計画の作成、自立支援カリキュラムに基づく社会適応指導、日本語指導、帰国被害者等の社会体験研修及び地域交流事業の実施、連絡会議の開催 | 2 |
| 厚生労働省 | 地域保健従事者現任教育推進事業 | 2019 | 地域保健従事者現任教育推進事業の実施 | 1 |
| 文部科学省 | 学校を核とした地域力強化プラン | 2020 | 学校・家庭・地域の連携協力推進に資する事業 等 | 1 |
| 内閣府 | 拉致被害者等の支援に必要な経費 | 2020 | 都道府県が策定した自立支援プログラムに基づき、必要に応じて事業計画の作成、自立支援カリキュラムに基づく社会適応指導、日本語指導、帰国被害者等の社会体験研修及び地域交流事業の実施、連絡会議の開催 | 0 |
