| 環境省 | 循環型社会形成推進交付金 | 2017 | エネルギー回収推進施設、マテリアルリサイクル推進施設、浄化槽設置整備事業 | 2,342 |
| 農林水産省 | 強い農業づくり交付金 | 2018 | 事業実施主体への交付金の交付事務、指導監督、調整 | 1,932 |
| 農林水産省 | 強い農業づくり交付金 | 2017 | 事業実施主体への交付金の交付事務、指導監督、調整 | 867 |
| 農林水産省 | 強い農業づくり交付金 | 2016 | 事業実施主体への交付金の交付事務、指導監督、調整 | 682 |
| 農林水産省 | 経営体育成支援事業 | 2017 | 意欲ある経営体が必要とする農業用機械等の導入に対する助成及び農業信用基金協会への助成 | 636 |
| 国土交通省 | 都市防災関連事業 | 2020 | 都市災害復旧事業 | 292 |
| 農林水産省 | 強い農業づくり交付金 | 2019 | 事業実施主体への交付金の交付事務、指導監督、調整 | 279 |
| 農林水産省 | 強い農業・担い手づくり総合支援交付金 | 2019 | 事業実施主体への交付金の交付事務、指導監督、調整 | 240 |
| 農林水産省 | 農業人材力強化総合支援事業
（旧新規就農・経営継承総合支援事業） | 2019 | 新規就農者への補助金等交付 | 95 |
| 農林水産省 | 農業人材力強化総合支援事業 | 2020 | 新規就農者への補助金等交付 | 80 |
| 農林水産省 | 農業人材力強化総合支援事業（旧新規就農・経営継承総合支援事業） | 2018 | 新規就農者への補助金等交付 | 78 |
| 農林水産省 | 農業人材力強化総合支援事業（旧新規就農・経営継承総合支援事業） | 2017 | 新規就農者への補助金等交付 | 64 |
| 農林水産省 | 担い手確保・経営強化支援事業 | 2018 | 経営発展に取り組む経営体が必要とする農業用機械等の導入に対する助成 | 61 |
| 総務省 | 市町村の合併円滑化に必要な経費 | 2015 | 市庁舎施設整備事業（鏡支所）ほか | 48 |
| 環境省 | 廃棄物処理施設災害復旧事業 | 2016 | 一般廃棄物処理施設の復旧事業 | 45 |
| 農林水産省 | 次世代林業基盤づくり交付金 | 2016 | 森林・林業再生基盤づくり交付金事業に対する補助等（木材加工流通施設整備） | 41 |
| 農林水産省 | 森林整備事業（補助） | 2015 | 市町村営事業による森林整備等の実施 | 35 |
| 環境省 | 災害等廃棄物処理事業費補助金 | 2015 | 災害により発生した廃棄物の収集、運搬及び処分 | 31 |
| 国土交通省 | 「小さな拠点」を核とした「ふるさと集落生活圏」形成推進事業 | 2018 | 旧小学校校舎を改修し、地域コミュニティ、生涯学習等の拠点として活用する。 | 24 |
| 厚生労働省 | 未熟児養育費負担金 | 2020 | 養育医療の給付 | 10 |
| 環境省 | 廃棄物焼却施設の余熱等を利用した地域低炭素化モデル事業 | 2016 | ごみ焼却に伴う排熱を有効利用し、隣接の「八代漁協増殖センター」に温水を供給 | 10 |
| 環境省 | 廃棄物焼却施設の余熱等を利用した地域低炭素化モデル事業 | 2017 | 【設備等導入事業】
ごみ焼却に伴う排熱を有効利用し、隣接の「八代漁協増殖センター（水産物種苗施設）」に温水を供給する。
| 9 |
| 文部科学省 | 地域文化財総合活用推進事業 | 2018 | 歴史文化基本構想策定に向けた調査、会議等 | 7 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等設備災害復旧費補助金 | 2020 | 再開等準備費用 | 5 |
| 厚生労働省 | 令和２年７月豪雨に係る医療保険者への財政支援（医療保険分） | 2020 | 一部負担金及び保険料（税）の免除措置を実施した医療保険者への財政支援 | 4 |
| 農林水産省 | 独立行政法人農業者年金基金運営費 | 2015 | 〃 | 4 |
| 厚生労働省 | 令和２年７月豪雨に係る介護保険利用料・保険料減免に対する財政支援 | 2020 | 保険料減免等に対する財政支援 | 3 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等災害復旧費補助金 | 2016 | 災害復旧に必要な経費 | 3 |
| 文部科学省 | スポーツによる地域活性化推進事業（スポーツによるまちづくり・地域活性化活動支援事業） | 2020 | スポーツによるまちづくり・地域活性化活動支援事業の実施 | 1 |
| 文部科学省 | 高等学校等の新たな教育改革に向けた調査研究事業 | 2015 | 小中一貫教育校による多様な教育システムの調査研究 | 1 |
| 厚生労働省 | 令和２年７月豪雨に係る医療保険者への財政支援（介護２号保険料分） | 2020 | 介護２号保険料の免除を実施した国保保険者への財政支援 | 0 |
| 厚生労働省 | 障害福祉サービス等災害臨時特例補助金 | 2020 | 被災した障害者等に係る障害福祉サービス等の利用者負担の減免 | 0 |
