| 財務省 | 輸出入・通関情報処理システム等経費 | 2015 | 輸出入・港湾関連情報処理システム（NACCS）の利用料 | 5,085 |
| 財務省 | 輸出入・通関情報処理システム等経費 | 2016 | 輸出入・港湾関連情報処理システム（NACCS）の利用料 | 4,772 |
| 財務省 | 輸出入・通関情報処理システム等経費 | 2017 | 輸出入・港湾関連情報処理システム（NACCS)の利用料 | 4,421 |
| 財務省 | 輸出入・通関情報処理システム等経費 | 2020 | 輸出入・港湾関連情報処理システム（NACCS)の利用料 | 4,349 |
| 財務省 | 輸出入・通関情報処理システム等経費 | 2019 | 輸出入・港湾関連情報処理システム（NACCS)の利用料 | 4,276 |
| 財務省 | 輸出入・通関情報処理システム等経費 | 2018 | 輸出入・港湾関連情報処理システム（NACCS)の利用料 | 4,199 |
| 経済産業省 | 電子経済産業省構築事業（事務費） | 2020 | ＮＡＣＣＳ（貿易管理サブシステム）の利用契約 | 471 |
| 経済産業省 | 電子経済産業省構築事業（事務費） | 2019 | ＮＡＣＣＳ（貿易管理サブシステム）の利用契約 | 418 |
| 経済産業省 | 電子経済産業省構築事業（事務費） | 2018 | ＮＡＣＣＳ（貿易管理サブシステム）の利用 | 398 |
| 経済産業省 | 電子経済産業省構築事業（事務費） | 2017 | ＮＡＣＣＳ（貿易管理サブシステム）の利用 | 358 |
| 経済産業省 | 電子経済産業省構築事業（事務費） | 2015 | NACCS(貿易管理ｼｽﾃﾑ)の利用契約 | 343 |
| 経済産業省 | 電子経済産業省構築事業（事務費） | 2016 | ＮＡＣＣＳ（貿易管理サブシステム）の利用 | 309 |
| 法務省 | 出入国審査システムの維持・管理 | 2018 | NACCS分担金 | 147 |
| 法務省 | 出入国審査システムの維持・管理 | 2017 | NACCS分担金等 | 147 |
| 法務省 | 出入国審査システムの維持・管理 | 2016 | NACCS分担金等 | 143 |
| 国土交通省 | 港湾整備事業 | 2020 | NACCS（海上入出港業務）利用 | 136 |
| 厚生労働省 | 輸入食品の検査に必要な事業 | 2015 | 輸出入港湾関連情報処理システム（ＮＡＣＣＳ）利用料 | 135 |
| 厚生労働省 | 輸入食品の検査に必要な事業 | 2016 | 輸出入港湾関連情報処理システム（ＮＡＣＣＳ）利用料 | 133 |
| 厚生労働省 | 輸入食品の検査に必要な事業 | 2017 | 輸出入港湾関連情報処理システム（ＮＡＣＣＳ）利用料 | 119 |
| 厚生労働省 | 輸入食品の検査に必要な事業 | 2020 | ＮＡＣＣＳ（輸入食品監視支援業務機能）利用契約 | 107 |
| 厚生労働省 | 輸入食品の検査に必要な事業 | 2018 | 輸出入港湾関連情報処理システム（ＮＡＣＣＳ）利用料 | 102 |
| 厚生労働省 | 輸入食品の検査に必要な事業 | 2019 | ＮＡＣＣＳ（輸入食品監視支援業務機能）利用契約 | 100 |
| 国土交通省 | 海上交通安全に関する経費 | 2017 | 平成29年度ＮＡＣＣＳ利用料 | 96 |
| 国土交通省 | 海上交通安全に関する経費 | 2020 | NACCS利用料 | 85 |
| 国土交通省 | 港湾整備事業 | 2016 | 平成２８年度ＮＡＣＣＳ（港湾サブシステム）利用 | 85 |
| 国土交通省 | 海上交通安全に関する経費 | 2019 | NACCS利用料 | 84 |
| 国土交通省 | 海上交通安全に関する経費 | 2018 | 平成30年度NACCS利用料 | 81 |
| 法務省 | 出入国審査システムの維持・管理 | 2019 | NACCS分担金 | 73 |
| 厚生労働省 | 検疫業務等に必要な事業 | 2018 | ＮＡＣＣＳ（海上入出港業務）利用 | 66 |
| 法務省 | 出入国審査システムの維持・管理 | 2020 | ＮＡＣＣＳ分担金 | 64 |
| 厚生労働省 | 検疫業務等に必要な事業 | 2019 | ＮＡＣＣＳ（空港入出港業務）利用 他１件 | 58 |
| 厚生労働省 | 検疫業務等に必要な事業 | 2020 | ＮＡＣＣＳ（空港入出港業務）利用 他1件 | 52 |
| 国土交通省 | 港湾整備事業 | 2019 | ＮＡＣＣＳ（海上入出港業務）利用 | 46 |
| 国土交通省 | 海上交通安全に関する経費 | 2015 | 平成27年度NACCS（港湾サブシステム）利用料 | 46 |
| 国土交通省 | 港湾整備事業 | 2018 | ＮＡＣＣＳ（海上入出港業務）利用 | 45 |
| 国土交通省 | 海上交通安全に関する経費 | 2016 | 平成28年度NACCS（港湾サブシステム）利用料 | 45 |
| 国土交通省 | 港湾整備事業 | 2017 | 平成２９年度ＮＡＣＣＳ（海上入出港業務）利用（変更１回） | 40 |
| 国土交通省 | 港湾整備事業 | 2015 | 平成27年度NACCS（港湾サブシステム）利用 | 30 |
| 厚生労働省 | 医薬品等監視指導対策費 | 2020 | 医薬品等輸出入手続オンラインシステム環境提供事業 | 27 |
| 厚生労働省 | 検疫業務等に必要な事業 | 2017 | NACCS（海上入出港業務）の利用 | 24 |
| 厚生労働省 | 医薬品等監視指導対策費 | 2017 | 平成29年度医薬品等輸出入手続オンラインシステム整備事業 | 23 |
| 厚生労働省 | 医薬品等監視指導対策費 | 2016 | 平成28年度医薬品等輸出入手続オンラインシステム整備事業 | 20 |
| 厚生労働省 | 医薬品等監視指導対策費 | 2015 | 平成27年度医薬品等輸出入手続オンラインシステム整備事業 | 20 |
| 厚生労働省 | 医薬品等監視指導対策費 | 2019 | 医薬品等輸出入手続オンラインシステム環境提供事業 | 19 |
| 厚生労働省 | 医薬品等監視指導対策費 | 2018 | 医薬品等輸出入手続オンラインシステム整備事業 | 19 |
| 厚生労働省 | 輸入食品の監視体制強化等事業 | 2017 | ＮＡＣＣＳ（輸出証明書等発給申請業務機能）利用料 | 9 |
| 財務省 | 日本産酒類の競争力強化・海外展開推進事業 | 2020 | 酒類の輸出証明書発行におけるＮＡＣＣＳの運用 | 8 |
| 財務省 | 日本産酒類の競争力強化・海外展開推進事業 | 2019 | 輸出入・港湾関連情報処理システムの運用 | 8 |
| 財務省 | 日本産酒類の競争力強化・海外展開推進事業 | 2018 | 輸出入・港湾関連情報処理システムの運用 | 8 |
| 厚生労働省 | 検疫業務等に必要な事業 | 2017 | NACCS（空港出入港業務システム）の利用 | 7 |
| 厚生労働省 | 検疫業務等に必要な事業 | 2016 | NACCS（港湾サブシステム）の利用 | 5 |
| 厚生労働省 | 検疫業務等に必要な事業 | 2015 | NACCS（港湾サブシステム）の利用 | 5 |
| 厚生労働省 | 検疫業務等に必要な事業 | 2016 | NACCS（空港出入港業務システム）の利用 | 5 |
| 厚生労働省 | 検疫業務等に必要な事業 | 2015 | NACCS（空港出入港業務システム）の利用 | 5 |
| 国土交通省 | 船舶の安全確保、海洋汚染の防止等に必要な経費 | 2020 | NACCS（海上入出港業務）利用 | 4 |
| 国土交通省 | 船舶油濁損害対策 | 2020 | 令和２年度NACCS（港湾サブシステム）利用料金 | 4 |
| 厚生労働省 | 検疫業務等に必要な事業 | 2018 | ＮＡＣＣＳ（空港入出港業務）利用 | 4 |
| 国土交通省 | 船舶油濁損害対策 | 2019 | NACCS（港湾サブシステム）利用料金 | 4 |
| 国土交通省 | 船舶油濁損害対策 | 2017 | NACCS（港湾サブシステム）利用料金 | 4 |
| 国土交通省 | 船舶油濁損害対策 | 2018 | NACCS（港湾サブシステム）利用料金 | 3 |
| 国土交通省 | 船舶油濁損害対策 | 2016 | NACCS（港湾サブシステム）利用 | 3 |
| 国土交通省 | 船舶油濁損害対策 | 2015 | NACCS（港湾サブシステム）利用 | 3 |
| 厚生労働省 | 輸入食品の監視体制強化等事業 | 2020 | NACCS（輸出証明書等薄給申請業務機能）利用料 | 2 |
| 厚生労働省 | 輸入食品の監視体制強化等事業 | 2019 | NACCS（輸出証明書等発給申請業務機能）利用料 | 2 |
| 厚生労働省 | 輸入食品の監視体制強化等事業 | 2018 | ＮＡＣＣＳ（輸出証明書等発給申請業務機能）利用料 | 2 |
| 厚生労働省 | 輸入食品の監視体制強化等事業 | 2016 | ＮＡＣＣＳ（輸出証明書等発給申請業務機能）利用料 | 1 |
