| 文部科学省 | 公立学校施設整備費（復興関連事業） | 2015 | 公立学校施設整備事業 | 1,290 |
| 国土交通省 | 北海道開発事業 | 2018 | 水道水源開発等施設整備事業の実施 | 1,124 |
| 国土交通省 | 北海道開発事業 | 2019 | 水道水源開発等施設整備事業の実施 | 394 |
| 国土交通省 | 北海道開発事業 | 2020 | 水道水源開発等施設整備事業の実施 | 217 |
| 内閣府 | アイヌ政策推進交付金 | 2020 | アイヌ政策推進交付金 | 190 |
| 国土交通省 | 北海道開発事業 | 2020 | 工事の実施及び工事に係る調査・設計 | 172 |
| 内閣府 | アイヌ政策推進交付金 | 2019 | アイヌ政策推進交付金 | 127 |
| 国土交通省 | 北海道開発事業 | 2016 | 釧路港改修工事に伴う土地使用料 | 111 |
| 国土交通省 | 北海道開発事業 | 2015 | 釧路港改修工事に伴う土地使用料等 | 110 |
| 総務省 | 常備消防力の強化等地方公共団体における消防防災体制の充実強化 | 2016 | 高機能消防指令センター総合整備事業 | 101 |
| 環境省 | 業務用施設等におけるネット・ゼロ・エネルギー・ビル（ZEB）化・省CO2促進事業（一部経済産業省・国土交通省・厚生労働省・総務省連携事業） | 2018 | インバータ設備・高効率モーター導入 | 93 |
| 国土交通省 | 北海道開発事業 | 2017 | 土地使用料 | 87 |
| 農林水産省 | 農山漁村おみやげ農畜産物販売促進事業 | 2016 | インフォメーション施設建築、パンフレット及びホームページ作成、Wi-Fi整備 | 80 |
| 国土交通省 | 北海道開発事業 | 2018 | 土地使用料 | 74 |
| 国土交通省 | 国際クルーズ旅客受入機能高度化事業 | 2018 | 釧路港（国際クルーズ旅客受入機能高度化事業） | 71 |
| 国土交通省 | 北海道開発事業 | 2019 | 用地補償 | 68 |
| 環境省 | 上下水道システムにおける省CO2化推進事業 | 2016 | インバータ整備 | 45 |
| 環境省 | 業務用施設等におけるネット・ゼロ・エネルギー・ビル（ZEB）化・省CO2促進事業（一部経済産業省・国土交通省・厚生労働省・総務省連携事業） | 2017 | ｲﾝﾊﾞｰﾀ化・高効率ﾓｰﾀｰの導入 | 41 |
| 厚生労働省 | 低所得者に対する介護保険サービスに係る利用者負担額の軽減措置事業 | 2020 | 社会福祉法人等により生計困難者に対する利用者負担額軽減制度事業等 | 18 |
| 厚生労働省 | 低所得者に対する介護保険サービスに係る利用者負担額の軽減措置事業 | 2019 | 社会福祉法人等により生計困難者に対する利用者負担額軽減制度事業等 | 18 |
| 厚生労働省 | 低所得者に対する介護保険サービスに係る利用者負担額の軽減措置事業 | 2015 | 社会福祉法人等により生計困難者に対する利用者負担額軽減制度事業 | 18 |
| 厚生労働省 | 低所得者に対する介護保険サービスに係る利用者負担額の軽減措置事業 | 2018 | 社会福祉法人等により生計困難者に対する利用者負担額軽減制度事業等 | 17 |
| 厚生労働省 | 低所得者に対する介護保険サービスに係る利用者負担額の軽減措置事業 | 2016 | 社会福祉法人等により生計困難者に対する利用者負担額軽減制度事業等 | 17 |
| 厚生労働省 | 低所得者に対する介護保険サービスに係る利用者負担額の軽減措置事業 | 2017 | 社会福祉法人等により生計困難者に対する利用者負担額軽減制度事業等 | 15 |
| 国土交通省 | 国際クルーズ旅客受入機能高度化事業 | 2017 | 釧路港国際クルーズ旅客受入機能高度化事業 | 12 |
| 環境省 | 低炭素価値向上に向けた社会システム構築支援事業 | 2015 | インバータ設備、高効率モータ、高効率ポンプ、水運用システム導入 | 11 |
| 文部科学省 | スポーツによる地域活性化推進事業 | 2016 | 地域スポーツコミッションによる地域活性化事業の実施 | 8 |
| 国土交通省 | 北海道開発事業 | 2016 | 委託業務 | 7 |
| 文部科学省 | スポーツによる地域活性化推進事業（地域スポーツコミッションの活動再開支援事業） | 2020 | 地域スポーツコミッションの活動再開支援事業の実施 | 4 |
| 国土交通省 | アイヌの伝統等普及啓発等に必要な経費 | 2019 | イオル事業に係る管理運営等業務 | 4 |
| 文部科学省 | スポーツによる地域活性化推進事業（スポーツによるまちづくり・地域活性化活動支援事業） | 2019 | スポーツによるまちづくり・地域活性化活動支援事業の実施 | 3 |
| 国土交通省 | 巡視船艇の運航に関する経費 | 2020 | 船舶給水料 | 3 |
| 国土交通省 | 巡視船艇の運航に関する経費 | 2019 | 船舶給水料 | 3 |
| 国土交通省 | 巡視船艇の運航に関する経費 | 2018 | 船舶給水料 | 3 |
| 国土交通省 | 巡視船艇の運航に関する経費 | 2015 | 船舶給水料 | 3 |
| 国土交通省 | 巡視船艇の運航に関する経費 | 2017 | 船舶給水 | 2 |
| 国土交通省 | 巡視船艇の運航に関する経費 | 2016 | 船舶給水料 | 2 |
| 文部科学省 | 学びを通じた社会参画の推進に関する実証研究事業 | 2019 | 学びを通じて社会的孤立の予防・解消等を図る実証研究 | 2 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2018 | タンチョウ保護増殖事業（釧路市） | 2 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2017 | タンチョウ保護増殖事業（釧路市） | 2 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2015 | 希少野生動植物種保護増殖事業（釧路市タンチョウ） | 2 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2019 | タンチョウ保護増殖事業（釧路市） | 1 |
| 農林水産省 | 市町村森林所有者情報整備事業 | 2015 | 森林GISの導入、現地調査 | 1 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2020 | タンチョウ保護増殖事業（釧路市） | 1 |
| 厚生労働省 | 健康増進事業（健康相談等） | 2020 | 健康増進事業（健康相談等） | 1 |
| 厚生労働省 | 健康増進事業（健康相談等） | 2019 | 健康増進事業（健康相談等） | 1 |
| 厚生労働省 | 健康増進事業（健康相談等） | 2018 | 健康教育・健康相談の実施 | 1 |
| 厚生労働省 | 健康増進事業（健康相談等） | 2017 | 健康増進事業（健康相談等） | 1 |
| 厚生労働省 | 健康増進事業（健康相談等） | 2016 | 健康増進事業（健康相談等） | 1 |
| 内閣府 | 保育所等の利用者負担軽減に係るシステム改修に必要な経費 | 2016 | システム改修 | 1 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2015 | 平成27年度タンチョウ保護増殖事業（標本保存管理業務） | 1 |
| 文部科学省 | 学校を核とした地域力強化プラン | 2016 | コミュニティ・スクール導入等促進に資する事業 | 1 |
| 文部科学省 | 学校を核とした地域力強化プラン | 2015 | コミュニティ・スクール導入等促進に資する事業 等 | 1 |
| 厚生労働省 | 災害時における医療提供体制の確保 | 2015 | 国主催の総合防災訓練に参加 | 1 |
| 国土交通省 | 海洋環境観測 | 2020 | ８月分船舶給水料 | 0 |
