| 環境省 | 災害等廃棄物処理事業費補助金 | 2019 | 災害により発生した廃棄物の収集、運搬及び処分 | 4,369 |
| 環境省 | 災害等廃棄物処理事業費補助金 | 2018 | 災害により発生した廃棄物の収集、運搬及び処分 | 3,579 |
| 文部科学省 | 公立学校施設整備費（復興関連事業） | 2015 | 公立学校施設整備事業 | 1,542 |
| 国土交通省 | 公営住宅整備等事業 | 2020 | 災害公営住宅整備事業の実施 | 1,533 |
| 文部科学省 | 公立学校施設災害復旧費 | 2019 | 災害復旧事業 | 1,381 |
| 経済産業省 | 国有資産所在市町村交付金（石油ガス分） | 2019 | 地方自治業務等 | 1,313 |
| 国土交通省 | スマートウェルネス住宅等推進事業 | 2020 | 地域生活拠点再開発事業 | 1,245 |
| 農林水産省 | 経営体育成支援事業 | 2018 | 意欲ある経営体が必要とする農業用機械等の導入に対する助成及び農業信用基金協会への助成 | 929 |
| 文部科学省 | 公立学校施設整備費（復興関連事業） | 2016 | 公立学校施設整備事業（平成27年度交付決定） | 806 |
| 農林水産省 | 経営体育成支援事業 | 2019 | 意欲ある経営体が必要とする農業用機械等の導入に対する助成及び農業信用基金協会への助成 | 622 |
| 環境省 | 自動車重量税財源公害健康被害補償に係る納付金財源交付 | 2015 | 認定患者への補償給付費等 | 439 |
| 環境省 | 自動車重量税財源公害健康被害補償に係る納付金財源交付 | 2016 | 認定患者への補償給付費等 | 409 |
| 環境省 | 自動車重量税財源公害健康被害補償に係る納付金財源交付 | 2018 | 認定患者への補償給付費等 | 393 |
| 環境省 | 自動車重量税財源公害健康被害補償に係る納付金財源交付 | 2017 | 認定患者への補償給付費等 | 391 |
| 環境省 | 自動車重量税財源公害健康被害補償に係る納付金財源交付 | 2019 | 認定患者への補償給付費等 | 368 |
| 環境省 | 自動車重量税財源公害健康被害補償に係る納付金財源交付 | 2020 | 認定患者への補償給付費等 | 353 |
| 国土交通省 | 公的賃貸住宅の管理等 | 2020 | 公的賃貸住宅家賃対策調整補助
住宅施設災害復旧事業補助 | 242 |
| 文部科学省 | 公立学校施設災害復旧費 | 2018 | 災害復旧事業 | 220 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等災害復旧費補助金 | 2018 | 災害復旧に必要な経費 | 218 |
| 文部科学省 | へき地児童生徒援助費等補助 | 2018 | 遠距離通学費等 | 217 |
| 厚生労働省 | 生活困窮者就労準備支援事業費等補助金
（うち生活困窮者就労準備支援等事業) | 2019 | 地域の要援護者の福祉の向上に資することを目的とする | 214 |
| 文部科学省 | 学校を核とした地域力強化プラン | 2017 | 放課後子供教室一体型の推進に係る設備整備 | 185 |
| 農林水産省 | 農業水路等長寿命化・防災減災事業 | 2020 | 長寿命化・防災減災対策に資する農業水利施設等の整備 | 140 |
| 農林水産省 | 農地耕作条件改善事業 | 2020 | 区画整理、暗渠排水等の整備をきめ細かく実施 | 131 |
| 経済産業省 | 石油貯蔵施設立地対策等交付金
石油貯蔵施設立地対策等交付金事務等交付金 | 2015 | 公共用施設の整備に係る事業 | 115 |
| 環境省 | 再エネ等を活用した水素社会推進事業（一部経済産業省、国土交通省連携事業） | 2017 | 再エネ由来水素ステーション設置 | 114 |
| 経済産業省 | 石油貯蔵施設立地対策等交付金
石油貯蔵施設立地対策等交付金事務等交付金 | 2018 | 公共用施設の整備に係る事業 | 110 |
| 経済産業省 | 石油貯蔵施設立地対策等交付金
石油貯蔵施設立地対策等交付金事務等交付金 | 2020 | 公共用施設の整備に係る事業 | 109 |
| 経済産業省 | 石油貯蔵施設立地対策等交付金
石油貯蔵施設立地対策等交付金事務等交付金 | 2019 | 公共用施設の整備に係る事業 | 109 |
| 経済産業省 | 石油貯蔵施設立地対策等交付金
石油貯蔵施設立地対策等交付金事務等交付金 | 2017 | 公共用施設の整備に係る事業 | 109 |
| 経済産業省 | 石油貯蔵施設立地対策等交付金
石油貯蔵施設立地対策等交付金事務等交付金 | 2016 | 公共用施設の整備に係る事業 | 109 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設災害復旧費補助金等 | 2018 | 施設災害復旧 | 108 |
| 国土交通省 | 都市防災関連事業 | 2018 | 都市災害復旧事業 | 100 |
| 厚生労働省 | 特定感染症検査等事業費 | 2020 | クーポン券等の印刷、発送、風しん抗体検査等 | 95 |
| 厚生労働省 | 平成３０年７月豪雨に係る医療保険者への財政支援（医療保険分） | 2018 | 一部負担金等の免除措置を実施した医療保険者等への財政支援 | 84 |
| 文部科学省 | へき地児童生徒援助費等補助 | 2019 | 遠距離通学費等 | 82 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等施設整備（災害復旧費含む） | 2018 | 被災した障害者施設等の復旧に要する経費の一部を助成。 | 77 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等施設整備（災害復旧費含む） | 2018 | 施設の災害復旧 | 70 |
| 環境省 | 地方公共団体カーボン・マネジメント強化事業 | 2017 | 事務業編等の強化・拡充支援事業 | 67 |
| 厚生労働省 | 地域介護・福祉空間整備推進交付金 | 2016 | 介護従事者の負担軽減に資する介護ロボット導入促進事業 | 54 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等施設整備（災害復旧費含む） | 2020 | 施設の災害復旧 | 53 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等災害復旧費補助金 | 2019 | 災害復旧に必要な経費 | 50 |
| 経済産業省 | 商店街災害復旧等事業 | 2018 | 仮設施設整備事業に係る助成金 | 50 |
| 厚生労働省 | 平成30年７月豪雨の被災地域における介護保険利用料・保険料減免に対する財政支援 | 2018 | 保険料減免等に対する財政支援 | 46 |
| 内閣府 | 子どものための教育・保育給付に必要な経費 | 2018 | 子どものための教育・保育給付災害臨時特例補助金 | 43 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等設備災害復旧費補助金 | 2018 | 被災した社会福祉施設等設備整備に要する費用の補助 | 39 |
| 厚生労働省 | 児童健全育成対策費補助金 | 2018 | ICT機器整備 | 30 |
| 内閣府 | 地方創生に向けたＳＤＧｓ推進事業 | 2020 | 自治体SDGｓモデル事業 | 29 |
| 厚生労働省 | 放課後児童クラブ環境改善整備推進事業 | 2016 | ICT機器整備 | 28 |
| 厚生労働省 | 地方改善事業 | 2015 | 隣保館運営事業 | 27 |
| 農林水産省 | 農地利用最適化交付金 | 2017 | 農地の出し手の掘り起こし活動、人・農地プランの作成・見直し等 | 25 |
| 文部科学省 | 特別支援教育就学奨励費負担等 | 2019 | 小・中学校の特別支援学級等の児童生徒等の保護者等の経済的負担を軽減するために必要な援助を行う。 | 23 |
| 文部科学省 | 特別支援教育就学奨励費負担等 | 2018 | 小・中学校の特別支援学級等の児童生徒等の保護者等の経済的負担を軽減するために必要な援助を行う。 | 22 |
| 厚生労働省 | 感染症予防事業費等負担金(感染症発生動向調査事業を除く） | 2018 | 感染症法に規定する健康診断の実施、細菌検査、患者の移送等 | 22 |
| 文部科学省 | 特別支援教育就学奨励費負担等 | 2017 | 小・中学校の特別支援学級等の児童生徒等の保護者等の経済的負担を軽減するために必要な援助を行う。 | 21 |
| 文部科学省 | 特別支援教育就学奨励費負担等 | 2016 | 小・中学校の特別支援学級等の児童生徒等の保護者等の経済的負担を軽減するために必要な援助を行う。 | 20 |
| 文部科学省 | 特別支援教育就学奨励費負担等 | 2015 | 小・中学校の特別支援学級等の児童生徒等の保護者等の経済的負担を軽減するために必要な援助を行う。 | 18 |
| 農林水産省 | 農地利用最適化交付金 | 2020 | 農地の出し手の掘り起こし活動、人・農地プランの作成・見直し等 | 17 |
| 農林水産省 | 農地利用最適化交付金 | 2019 | 農地の出し手の掘り起こし活動、人・農地プランの作成・見直し等 | 17 |
| 農林水産省 | 農地利用最適化交付金 | 2018 | 農地の出し手の掘り起こし活動、人・農地プランの作成・見直し等 | 17 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設災害復旧費補助金等 | 2018 | 設備災害復旧 | 17 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等災害復旧費補助金等 | 2019 | 設備災害復旧 | 14 |
| 厚生労働省 | 社会福祉施設等設備災害復旧費補助金 | 2018 | 再開等準備費用 | 14 |
| 文部科学省 | 学校保健特別対策事業 | 2020 | スクールバスの運行委託料 | 13 |
| 厚生労働省 | 地方改善施設整備費補助金 | 2018 | 隣保館等施設整備費 | 12 |
| 厚生労働省 | 地方改善施設整備費補助金 | 2017 | 隣保館等施設整備費 | 10 |
| 内閣府 | 民間資金等活用事業調査等に必要な経費 | 2019 | 民間資金等活用事業調査費補助事業 | 10 |
| 厚生労働省 | 地方改善施設整備費補助金 | 2016 | 隣保館等施設整備費 | 7 |
| 農林水産省 | 産地活性化総合対策事業 | 2018 | 平成30年梅雨期豪雨対応産地緊急支援事業において、営農再開支援事業を実施 | 6 |
| 農林水産省 | 漁港機能増進事業 | 2017 | 市町村が実施する漁港機能増進事業に要する経費 | 5 |
| 文部科学省 | 文化遺産総合活用推進事業 | 2016 | 歴史文化基本構想策定に向けた調査、会議等 | 5 |
| 文部科学省 | 文化遺産を活かした地域活性化事業 | 2015 | 倉敷市歴史文化基本構想の策定 | 4 |
| 環境省 | 自立支援型公害健康被害予防事業推進費 | 2016 | 健康相談（個別指導等）事業、健康診査（個別指導等）事業等 | 4 |
| 環境省 | 自立支援型公害健康被害予防事業推進費 | 2020 | 健康診査(個別指導)事業、健康相談(個別相談)事業 | 3 |
| 環境省 | 自立支援型公害健康被害予防事業推進費 | 2019 | 健康診査（個別指導等）事業、健康相談（個別指導等）事業等 | 3 |
| 文部科学省 | 補習等のための指導員等派遣事業 | 2016 | 補習等のための指導員配置に要する経費（報酬・賃金、報償費、旅費） | 3 |
| 環境省 | 水素を活用した社会基盤構築事業 | 2020 | 保守点検にかかる業務 | 2 |
| 厚生労働省 | 障害福祉サービス等災害臨時特例補助金 | 2018 | 被災した障害者等に係る障害福祉サービス等の利用者負担の減免 | 2 |
| 厚生労働省 | 平成３０年７月豪雨に係る医療保険者への財政支援（介護２号保険料分） | 2018 | 介護２号保険料の免除を実施した国保保険者への財政支援 | 2 |
| 厚生労働省 | 放課後児童クラブ入退室管理モデル事業 | 2016 | 入退室管理モデル事業 | 2 |
| 文部科学省 | 高校生等への修学支援 | 2016 | 市町村が設置する公立学校の教育に必要な経費を交付・支出 | 2 |
| 環境省 | 公害保健福祉事業助成費 | 2020 | 公害保健福祉事業に係る業務 | 1 |
| 環境省 | 公害保健福祉事業助成費 | 2018 | 公害保健福祉事業に係る業務 | 1 |
| 環境省 | 公害保健福祉事業助成費 | 2016 | 公害保健福祉事業に係る業務 | 1 |
| 環境省 | 公害保健福祉事業助成費 | 2015 | 公害保健福祉事業に係る業務 | 1 |
| 厚生労働省 | 地域健康危機管理対策事業 | 2017 | 地域健康危機管理体制推進事業の実施 | 0 |
| 文部科学省 | 高校生等への修学支援 | 2017 | 市町村が設置する公立学校の教育に必要な経費を交付・支出 | 0 |
