| 厚生労働省 | 医療研究開発推進事業費補助金（統合プロジェクト以外の健康･医療戦略の推進に必要となる研究開発事業）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 2017 | - | 479 |
| 経済産業省 | 再生医療・遺伝子治療の産業化に向けた基盤技術開発事業 | 2019 | 遺伝子・細胞先端的技術研究開発 | 468 |
| 厚生労働省 | 医療研究開発推進事業費補助金（統合プロジェクト以外の健康･医療戦略の推進に必要となる研究開発事業）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 2017 | 人工知能による総合診療診断支援システムの開発 | 367 |
| 厚生労働省 | 医療研究開発推進事業費補助金（再生・細胞医療・遺伝子治療プロジェクト）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 2020 | | 309 |
| 厚生労働省 | 医療研究開発推進事業費補助金（再生・細胞医療・遺伝子治療プロジェクト）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 2020 | 分子病態に基づく筋萎縮性側索硬化症の遺伝子治療開発 | 113 |
| 厚生労働省 | 医療研究開発推進事業費補助金（再生・細胞医療・遺伝子治療プロジェクト）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 2020 | Niemann-Pick 病C 型に対する遺伝子治療開発 | 85 |
| 経済産業省 | 未来医療を実現する医療機器・システム研究開発事業 | 2016 | ＩＣＴを活用した診療支援技術 | 75 |
| 経済産業省 | 再生医療・遺伝子治療の産業化に向けた基盤技術開発事業 | 2020 | 遺伝子・細胞先端的技術研究開発 | 65 |
| 経済産業省 | 再生医療・遺伝子治療の産業化に向けた基盤技術開発事業 | 2018 | 遺伝子・細胞先端的技術研究開発 | 65 |
| 厚生労働省 | 臨床研修費 | 2020 | 臨床研修費 | 55 |
| 厚生労働省 | 臨床研修費 | 2019 | 臨床研修費 | 54 |
| 厚生労働省 | 臨床研修費 | 2018 | 臨床研修費 | 54 |
| 厚生労働省 | 臨床研修費 | 2016 | 医師臨床研修の実施 | 49 |
| 厚生労働省 | 臨床研修費 | 2017 | 医師臨床研修の実施 | 47 |
| 厚生労働省 | 医療研究開発推進事業費補助金（統合プロジェクト以外の健康･医療戦略の推進に必要となる研究開発事業）（保健衛生医療調査等推進事業費補助金を含む） | 2017 | 血友病とその治療に伴う種々の合併症克服に関する研究 | 44 |
| 文部科学省 | 私立大学等研究設備整備等 | 2017 | 教育基盤設備、研究設備の整備費 | 40 |
| 文部科学省 | 特色ある共同研究拠点の整備の推進事業 | 2017 | 大型動物を用いた橋渡し研究拠点の整備 | 40 |
| 文部科学省 | 特色ある共同研究拠点の整備の推進事業 | 2018 | 大型動物を用いた橋渡し研究拠点の整備 | 32 |
| 文部科学省 | 特色ある共同研究拠点の整備の推進事業 | 2020 | 大型動物を用いた橋渡し研究拠点の整備 | 30 |
| 経済産業省 | Connected Industries推進のための協調領域データ共有・AIシステム開発促進事業 | 2019 | 医療情報を横断的に統合した診療支援ＡＩシステムの開発 | 26 |
| 文部科学省 | 特色ある共同研究拠点の整備の推進事業 | 2019 | 大型動物を用いた橋渡し研究拠点の整備 | 26 |
| 厚生労働省 | 保健衛生施設等施設・設備整備費補助金
（保健衛生施設等災害復旧費補助金含む） | 2020 | 施設・設備整備費の支出 | 20 |
| 経済産業省 | Connected Industries推進のための協調領域データ共有・AIシステム開発促進事業 | 2020 | 医療情報を横断的に統合した診療支援ＡＩシステムの開発 | 20 |
| 厚生労働省 | 救急患者の受入体制の充実 | 2019 | 搬送困難事例受入医療機関支援事業 | 16 |
| 厚生労働省 | 救急患者の受入体制の充実 | 2018 | 搬送困難事例受入医療機関支援事業 | 16 |
| 厚生労働省 | 救急患者の受入体制の充実 | 2017 | 搬送困難受入医療機関支援事業 | 16 |
| 国土交通省 | 自動車事故による被害者対策の充実 | 2019 | 自動車事故の被害にあった救急患者を受け入れるための救急医療設備の整備 | 9 |
| 国土交通省 | 自動車事故による被害者対策の充実 | 2015 | 自動車事故患者のための医療機器の整備に要する費用の支援 | 8 |
| 文部科学省 | 医療データ人材育成拠点形成事業 | 2020 | 医療リアルワールドデータ活用人材育成事業（分担金） | 7 |
| 文部科学省 | 医療データ人材育成拠点形成事業 | 2019 | 医療リアルワールドデータ活用人材育成事業 | 5 |
| 厚生労働省 | 看護師の特定行為に係る研修機関支援事業 | 2017 | 指定研修機関運営事業の実施 | 5 |
| 経済産業省 | 健康・医療情報を活用したヘルスケア・イノベーション基盤整備事業 | 2019 | IoT等活用行動変容研究事業／センサー内臓アンクルウェイトの開発とフレイル予防への効果の検証 | 4 |
| 文部科学省 | 基礎研究医養成活性化プログラム | 2018 | 病理専門医資格を担保した基礎研究医育成（分担金） | 4 |
| 文部科学省 | 基礎研究医養成活性化プログラム | 2017 | 病理専門医資格を担保した基礎研究医育成（分担金） | 4 |
| 厚生労働省 | 看護師の特定行為に係る研修機関支援事業 | 2016 | 指定研修機関運営事業の実施 | 4 |
| 文部科学省 | 基礎研究医養成活性化プログラム | 2019 | 病理専門医資格を担保した基礎研究医育成 | 4 |
| 厚生労働省 | 看護師の特定行為に係る研修機関支援事業 | 2015 | 看護師の特定行為に係る研修機関導入促進支援事業 | 4 |
| 文部科学省 | 基礎研究医養成活性化プログラム | 2020 | 病理専門医資格を担保した基礎研究医育成（分担金） | 3 |
| 厚生労働省 | 医療資格者等の労災給付の上乗せを行う医療機関等への補助 | 2020 | 医療資格者等の労災給付の上乗せを行う医療機関等への補助 | 1 |
| 厚生労働省 | 看護師の特定行為に係る研修機関支援事業 | 2019 | 看護師の特定行為に係る研修機関事業 | 1 |
| 内閣府 | 食品健康影響評価技術の研究に必要な経費 | 2017 | 国立研究開発法人国立成育医療研究センターの分担研究 | 1 |
