| 農林水産省 | 漁業資源調査に要する経費 | 2020 | 資源調査を実施 | 966 |
| 原子力規制委員会 | 海洋環境放射能総合評価事業 | 2020 | 海洋環境における放射能調査及び総合評価 | 856 |
| 原子力規制委員会 | 海洋環境放射能総合評価事業 | 2019 | 海洋環境における放射能調査及び総合評価 | 849 |
| 原子力規制委員会 | 海洋環境放射能総合評価委託費 | 2015 | 我が国の原子力施設沖合に位置する主要漁場における放射能調査を実施し、漁場の安全確認を行う。 | 821 |
| 原子力規制委員会 | 海洋環境放射能総合評価事業委託費 | 2016 | 我が国の原子力施設沖合に位置する主要漁場における放射能調査を実施し、漁場の安全確認を行う。 | 808 |
| 原子力規制委員会 | 海洋環境放射能総合評価事業 | 2017 | 海洋環境における放射能調査及び総合評価 | 798 |
| 原子力規制委員会 | 海洋環境放射能総合評価事業 | 2018 | 海洋環境における放射能調査及び総合評価 | 790 |
| 経済産業省 | CCUS研究開発・実証関連事業 | 2020 | 海洋環境調査 | 369 |
| 経済産業省 | CCUS研究開発・実証関連事業 | 2019 | 海洋環境調査 | 369 |
| 復興庁 | 放射性物質影響調査推進事業 | 2015 | 東京電力（株）福島第一原子力発電所の事故周辺海域等で漁獲される水産物の放射性物質の調査・分析業務を実施 | 319 |
| 復興庁 | 放射性物質影響調査推進事業 | 2016 | 東京電力（株）福島第一原子力発電所の事故周辺海域等で漁獲される水産物の放射性物質の調査・分析業務を実施 | 286 |
| 経済産業省 | 苫小牧におけるCCS大規模実証試験事業 | 2016 | 海洋環境調査 | 270 |
| 復興庁 | 放射性物質影響調査推進事業 | 2020 | 東京電力ホールディングス（株）福島第一原子力発電所の事故周辺海域等で漁獲される水産物の放射性物質の分析・調査業務を実施 | 255 |
| 復興庁 | 放射性物質影響調査推進事業 | 2017 | 東京電力（株）福島第一原子力発電所の事故周辺海域等で漁獲される水産物の放射性物質の調査・分析業務を実施 | 251 |
| 復興庁 | 放射性物質影響調査推進事業 | 2018 | 東京電力（株）福島第一原子力発電所の事故周辺海域等で漁獲される水産物の放射性物質の調査・分析業務を実施 | 249 |
| 復興庁 | 放射性物質影響調査推進事業 | 2019 | 東京電力ホールディングス（株）福島第一原子力発電所の事故周辺海域等で漁獲される水産物の放射性物質の分析・調査業務を実施 | 244 |
| 経済産業省 | CCUS研究開発・実証関連事業（旧:CCS研究開発・実証関連事業） | 2018 | 海洋環境調査 | 230 |
| 経済産業省 | CCS研究開発・実証関連事業 | 2017 | 海洋環境調査 | 219 |
| 経済産業省 | 苫小牧におけるCCS大規模実証試験事業 | 2016 | 監視計画変更に係わる検討業務 | 53 |
| 復興庁 | 放射性物質環境汚染状況監視等調査研究に必要な経費 | 2020 | 閉鎖的海域における海底土・海水を対象とした放射能測定調査 | 38 |
| 復興庁 | 放射性物質環境汚染状況監視等調査研究に必要な経費 | 2019 | 閉鎖的海域における海底土・海水を対象とした放射能測定調査 | 37 |
| 復興庁 | 放射性物質環境汚染状況監視等調査研究に必要な経費 | 2018 | 閉鎖的海域における海底土・海水を対象とした放射能測定調査 | 32 |
| 経済産業省 | 発電所の環境影響評価審査に係る調査委託費 | 2016 | 火力発電所設置予定地域の海域調査の実施、取りまとめ | 28 |
| 経済産業省 | 発電所の環境影響評価審査に係る調査委託費 | 2017 | 洋上風力発電所設置予定地域の海域調査の実施、取りまとめ | 24 |
| 経済産業省 | 国内石油天然ガスに係る地質調査・メタンハイドレートの研究開発等委託費
国内石油天然ガスに係る地質調査事業費補助金 | 2019 | 水槽による擬似現場生物試験の評価 | 20 |
| 経済産業省 | 発電所の環境影響評価審査に係る調査委託費
(旧：発電所環境審査調査委託費) | 2015 | 火力発電所設置予定地域の海域調査の実施、取りまとめ | 17 |
| 経済産業省 | 国内石油天然ガスに係る地質調査・メタンハイドレートの研究開発等委託費
国内石油天然ガスに係る地質調査事業費補助金 | 2020 | 水槽による擬似現場生物試験の評価 | 14 |
| 復興庁 | 放射性物質影響調査推進事業 | 2019 | 東京電力ホールディングス（株）福島第一原子力発電所の事故周辺海域等で漁獲される水産物の放射性物質の分析結果の集計業務を実施 | 11 |
| 経済産業省 | 発電所の環境影響評価審査に係る調査委託費 | 2018 | | 11 |
| 経済産業省 | 新エネルギー等の保安規制高度化事業 | 2018 | 洋上風力発電所調査等手法の検討 | 11 |
| 復興庁 | 放射性物質影響調査推進事業 | 2020 | 東京電力ホールディングス（株）福島第一原子力発電所の事故周辺海域等で漁獲される水産物の放射性物質の分析結果の集計業務を実施 | 10 |
| 経済産業省 | 波力・潮流等の海洋エネルギー発電技術の研究開発事業（旧：海洋エネルギー技術研究開発事業） | 2015 | 海洋エネルギー発電技術に係る生物付着影響の調査および対策の検討 | 10 |
| 農林水産省 | 有害化学物質・微生物リスク管理基礎調査事業 | 2015 | 水産物中のダイオキシン類濃度の調査及び消費者等に対する情報提供 | 9 |
| 農林水産省 | 持続可能な水産業の認証活用加速化事業 | 2020 | 認証機関の増加に向けた認定準備 | 5 |
| 経済産業省 | 苫小牧におけるCCS大規模実証試験事業
（旧：二酸化炭素削減技術実証試験事業費） | 2015 | 海洋汚染防止法に係る支援業務 | 4 |
| 農林水産省 | 増殖対策 | 2018 | 環境変化に対応した種苗生産及び放流手法の実証 | 3 |
| 農林水産省 | 厳しい環境条件下におけるサンゴ礁の面的保全・回復技術開発実証委託事業 | 2018 | 陸上水槽による高水温時のシェーディング効果の検討【再委託】 | 1 |
| 農林水産省 | 増殖対策 | 2018 | ニーズの高い魚種の種苗量産･放流技術の開発 | 1 |
