| 内閣府 | 沖縄国立大学法人施設整備に必要な経費 | 2020 | 沖縄健康医療拠点事業の実施 | 12,800 |
| 内閣府 | 沖縄国立大学法人施設整備に必要な経費 | 2019 | 沖縄健康医療拠点事業の実施 | 5,495 |
| 内閣府 | 大学等における修学支援に必要な経費 | 2020 | 大学等における修学支援 | 519 |
| 内閣府 | 沖縄国立大学法人施設整備に必要な経費 | 2018 | 沖縄健康医療拠点事業の実施 | 305 |
| 文部科学省 | 国立大学法人における設備等の整備 | 2019 | 沖縄バイオインフォメーションバンク試料解析保管システム | 197 |
| 文部科学省 | 国立大学改革基盤強化促進事業 | 2015 | 地域特性に根ざした特色ある研究の推進体制整備事業 | 173 |
| 文部科学省 | 国立大学法人における設備等の整備 | 2017 | ヒトゲノム解析研究基盤設備 | 138 |
| 環境省 | 独立行政法人環境再生保全機構運営費交付金 | 2020 | 環境研究総合推進費（委託）
両生爬虫類をモデルとした希少種選定の基礎資料整備と保全対象種の簡易同定法の確立およびそれらのワークフローの提案ほか | 132 |
| 厚生労働省 | がん診療連携拠点病院機能強化事業費等 | 2016 | がん診療連携拠点病院への補助金の配分 | 51 |
| 厚生労働省 | がん診療連携拠点病院機能強化事業費 | 2017 | がん診療連携拠点病院への補助金の配分 | 49 |
| 厚生労働省 | がん診療連携拠点病院機能強化事業費 | 2015 | がん診療連携拠点病院への補助金の配分 | 41 |
| 文部科学省 | 先端研究基盤共用促進事業 | 2016 | 新たな共用システムの導入 | 40 |
| 経済産業省 | 再生医療・遺伝子治療の産業化に向けた基盤技術開発事業 | 2020 | 琉球大学を起点としたヒト（同種）体性幹細胞原料の安定供給システムの構築 | 39 |
| 環境省 | 子どもの健康と環境に関する全国調査（エコチル調査） | 2018 | 調査対象地域におけるコーホート調査等 | 36 |
| 環境省 | 子どもの健康と環境に関する全国調査（エコチル調査） | 2017 | 調査対象地域におけるコーホート調査等 | 35 |
| 環境省 | 子どもの健康と環境に関する全国調査（エコチル調査） | 2016 | 調査対象地域におけるコーホート調査等 | 35 |
| 環境省 | 子どもの健康と環境に関する全国調査（エコチル調査） | 2015 | 調査対象地域におけるコーホート調査等 | 33 |
| 文部科学省 | 科学技術に関する人材の養成・活躍促進 | 2018 | 自然史ビッグデータ科学：生物多様性情報を駆使した次世代型の進化生態学若手研究者の育成 | 33 |
| 文部科学省 | 科学技術に関する人材の養成・活躍促進 | 2019 | 自然史ビッグデータ科学：生物多様性情報を駆使した次世代型の進化生態学若手研究者の育成 | 32 |
| 内閣府 | 沖縄の人材育成推進に必要な経費 | 2018 | 観光人材育成講座の実施 | 24 |
| 厚生労働省 | 造血幹細胞移植医療体制整備事業 | 2020 | 積極的な骨髄採取や地域の医療機関への研修等を実施 | 21 |
| 農林水産省 | 戦略的プロジェクト研究推進事業のうち市場開拓に向けた取組を支える研究開発 | 2019 | へちま等の新規加工技術の開発 等 | 20 |
| 経済産業省 | 戦略的基盤技術高度化・連携支援事業 | 2015 | 健康長寿社会の実現に資する高機能健康食品（玄米由来健康成分含有ナノ粒子）の実用化 | 15 |
| 内閣府 | 沖縄型産業中核人材育成事業 | 2017 | 研修カリキュラムの開発、参加者の募集、研修の実施・見直し | 14 |
| 文部科学省 | 住環境・就職支援等受入れ環境の充実 | 2016 | 外国人留学生に対する住環境支援等の生活支援、日本人学生との交流支援、日本国内での就職支援等の取組を委託 | 10 |
| 経済産業省 | 産学連携サービス経営人材育成事業 | 2016 | 沖縄21世紀ビジョンを担うグローカルサービス経営人材の育成 | 9 |
| 経済産業省 | 産学連携サービス経営人材育成事業 | 2017 | 沖縄２１世紀ビジョンを担うグローカルサービス経営人材の育成 | 8 |
| 経済産業省 | 太陽光発電システム維持管理及びリサイクル技術開発 | 2015 | 高耐久軽量低コスト架台開発と最適基礎構造適用研究 | 6 |
| 経済産業省 | バイオ燃料製造の有用要素技術開発事業 | 2015 | 糖化酵素の高機能化へ向けての成分酵素の強化 | 5 |
| 原子力規制委員会 | 火山影響評価に係る研究事業 | 2018 | 阿蘇カルデラ及び大山火山噴出物の同位体地球化学的検討 | 5 |
| 経済産業省 | 太陽光発電システム維持管理及びリサイクル技術開発 | 2016 | 高耐久軽量低コスト架台開発と最適基礎構造適用研究 | 4 |
| 文部科学省 | 住環境・就職支援等受入れ環境の充実 | 2015 | 外国人留学生に対する住環境支援等の生活支援、日本人学生との交流支援、日本国内での就職支援等の取組を委託 | 4 |
| 文部科学省 | 国語施策の充実 | 2020 | 「危機的な状況にある言語・方言の保存・継承に係る取組等の実態に関する調査研究」を鹿児島県・沖縄の方言を対象として実施 | 4 |
| 文部科学省 | 国語施策の充実 | 2019 | 「危機的な状況にある言語・方言の保存・継承に係る取組等の実態に関する調査研究」を鹿児島県・沖縄の方言を対象として実施 | 4 |
| 文部科学省 | 国語施策の充実 | 2016 | 「危機的な状況にある言語・方言の保存・継承に係る取組等の実態に関する調査研究」を鹿児島県・沖縄の方言を対象として実施 | 4 |
| 文部科学省 | 国語施策の充実 | 2018 | 「危機的な状況にある言語・方言の保存・継承に係る取組等の実態に関する調査研究」を鹿児島県・沖縄の方言を対象として実施 | 3 |
| 文部科学省 | 国語施策の充実 | 2017 | 「危機的な状況にある言語・方言の保存・継承に係る取組等の実態に関する調査研究」を鹿児島県・沖縄の方言を対象として実施 | 3 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2019 | 平成３１年度イリオモテヤマネコ個体識別調査等業務 | 3 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2018 | イリオモテヤマネコ個体識別調査等業務 | 3 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2017 | イリオモテヤマネコ個体識別調査等業務 | 3 |
| 内閣府 | 沖縄の人材育成推進に必要な経費 | 2020 | ICTを活用した遠隔授業の実証実験の実施 | 3 |
| 厚生労働省 | 遺骨伝達等事業 | 2018 | 安定同位体比分析の研究 | 3 |
| 文部科学省 | 独立行政法人日本学術振興会運営費交付金に必要な経費 | 2015 | 論文博士号取得希望者に対する支援事業 | 3 |
| 内閣府 | 沖縄の人材育成推進に必要な経費 | 2019 | 海外研修の支援 | 3 |
| 環境省 | 希少種保護推進費 | 2015 | イリオモテヤマネコ個体識別調査等業務 | 3 |
| 農林水産省 | 資源管理体制高度化推進事業 | 2017 | マチ類の集団解析に関する委託研究に係る業務 | 3 |
| 農林水産省 | 資源管理体制高度化推進事業 | 2016 | マチ類の集団遺伝構造解明に関する委託研究 | 2 |
| 農林水産省 | 資源管理体制高度化推進事業 | 2015 | マチ類の集団遺伝構造に関する委託研究 | 2 |
| 農林水産省 | 漁場環境・生物多様性技術開発関連事業 | 2015 | 種苗生産技術関連試験（高温耐性共生藻） | 2 |
| 文部科学省 | 独立行政法人日本学術振興会運営費交付金に必要な経費 | 2017 | 平成29年度論文博士号取得希望者に対する支援事業 | 2 |
| 文部科学省 | 独立行政法人日本学術振興会運営費交付金に必要な経費 | 2016 | 平成37年度論文博士号取得希望者に対する支援事業 | 2 |
| 農林水産省 | 漁場環境・生物多様性技術開発関連事業 | 2017 | 種苗生産技術関連試験（高温耐性共生藻）【再委託】 | 2 |
| 農林水産省 | 漁場環境・生物多様性技術開発関連事業 | 2016 | 種苗生産技術関連試験（高温耐性共生藻）【再委託】 | 2 |
| 農林水産省 | 厳しい環境条件下におけるサンゴ礁の面的保全・回復技術開発実証事業 | 2016 | 種苗生産技術関連試験（高温耐性共生藻）【再委託】 | 2 |
| 厚生労働省 | 看護師の特定行為に係る研修機関支援事業 | 2019 | 看護師の特定行為に係る研修機関事業 | 2 |
| 文部科学省 | 小・中・高等学校を通じた英語教育強化事業 | 2016 | 小学校の専科指導の講座及び免許法認定講習の開発 | 2 |
| 文部科学省 | 国語施策の充実 | 2015 | アーカイブ化を想定した実地調査研究 | 2 |
| 国土交通省 | 治安及び救難体制の整備に関する経費 | 2018 | 司法解剖等 | 2 |
| 文部科学省 | 小・中・高等学校を通じた英語教育強化事業 | 2018 | 小学校英語教科化に向けた講習の開発・実施 | 2 |
| 国土交通省 | 治安及び救難体制の整備に関する経費 | 2020 | 検査業務等 | 2 |
| 文部科学省 | 海洋情報把握技術開発 | 2019 | 実海域試験 | 2 |
| 文部科学省 | 海洋情報把握技術開発 | 2018 | 実海域試験 | 2 |
| 文部科学省 | 我が国の伝統・文化教育の充実に係る調査研究 | 2018 | カリキュラムの開発、指導方法の工夫・改善に関する実践研究 | 1 |
| 農林水産省 | ＥＥＺ内資源・漁獲管理体制強化事業 | 2019 | 水産重要種の集団遺伝解析 | 1 |
| 文部科学省 | 基礎研究医養成活性化プログラム | 2018 | 実践力と研究力を備えた法医学者育成事業（分担金） | 1 |
| 国土交通省 | 治安及び救難体制の整備に関する経費 | 2015 | 司法解剖検査業務 | 1 |
| 厚生労働省 | 遺骨収集関連事業 | 2018 | 沖縄で収集した戦没者遺骨の鑑定 | 1 |
| 厚生労働省 | 遺骨収集関連事業 | 2017 | 沖縄で収集した戦没者遺骨の鑑定 | 1 |
| 厚生労働省 | 遺骨伝達等事業 | 2016 | 戦没者遺骨のDNA鑑定等 | 1 |
| 厚生労働省 | 遺骨伝達等事業 | 2015 | 戦没者遺骨のDNA鑑定等 | 1 |
| 厚生労働省 | エイズ予防対策事業委託費 | 2019 | HIV感染者等保健福祉相談事業 | 1 |
| 厚生労働省 | エイズ予防対策事業委託費 | 2018 | HIV感染者等保健福祉相談事業 | 1 |
| 厚生労働省 | エイズ予防対策事業委託費 | 2017 | HIV感染者等保健福祉相談事業 | 1 |
| 厚生労働省 | エイズ予防対策事業委託費 | 2016 | HIV感染者等保健福祉相談事業 | 1 |
| 厚生労働省 | エイズ予防対策事業委託費 | 2015 | HIV感染者等保健福祉相談事業 | 1 |
| 文部科学省 | 我が国の伝統・文化教育の充実に係る調査研究 | 2017 | カリキュラムの開発、指導方法の工夫改善に関する実践研究 | 1 |
| 文部科学省 | 海洋情報把握技術開発 | 2020 | 実海域試験 | 1 |
| 農林水産省 | EEZ内資源・漁獲管理体制強化事業 | 2018 | マチ類の集団解析に関する委託研究に係る業務 | 1 |
| 内閣府 | 沖縄の人材育成推進に必要な経費 | 2019 | 離島ICT教育実証事業委託事業 | 0 |
